直管公房
1991年，济宁市有直管公房57万平方米，其中：市区30万平方米，曲阜12万平方米，兖州10万平方米，金乡4万平方米。直管公房中约85%为住宅，其余为企事业单位办公生产用房。市区直管公房原为市房地产管理局负责产权产籍管理，古槐、济阳、越河、阜桥4个房管所具体负责公房的经营、管理和维修。1992年10月，市房管局撤销后，直管公房的管理职能由市建委房地产管理科具体负责，房管所管理职能未变。2003年10月，新成立的房管局正式挂牌对外办公后，市建委将公房管理业务重新划归市房管局，具体管理、维修仍由各房管所负责。20世纪90年代，由于城市建设、旧城改造步伐加快，直管公房多在老城区陆续被拆迁。按照《济宁市公房管理办法》和市房管局的有关规定，拆迁直管公房由拆迁人安置公房住户，安置的产权仍归公有。1994年1月，市政府发布13号令，对直管公房的拆迁安置补偿作出明确规定，主要原则为安置公房不少于原面积和户数，并相对集中立体切块安置，目的在于确保公房原承租人的合法使用权。1995年，市区13条道路改造，市建委规定，凡在道路改造以内需拆迁的直管公房，建筑面积40平方米以下的按每平方米420元的价格出售给现住户，住户购买产权后按私房性质拆迁安置和补偿，解决了因公房面积小增加拆迁人超面积安置成本的问题。同时规定，房管所出售公房收回的价款，全部用于公房的维修和改造。这一政策在以后的公房拆迁中被沿用，价格标准随市场变化逐渐上调，但基本上是市场价的60%左右，体现了对原公房住户的优惠和照顾。这一时期，市建委加强公房的拆迁管理，凡拆迁公房，须事先签订公房拆迁协议，以确保公房及住户的合法权益。同时，房管所加大旧城改造力度，成片改造直管公房，利用开发自筹资金，投入公房维修，不仅减轻了财政负担，改善了群众的住房条件，同时国有房产也得到了保值增值。至2005年，市区90%的直管公房完成了拆迁改造，居住水平有较大提高。
1993年起，按照房改政策规定逐步提高直管公房的租金标准，1993年为0.32元/平方米、1995年为0.8元/平方米、1996年为1.2元/平方米、1997年为1.6元/平方米、1998年为2.07元/平方米，长期以租不能养房的现象得到一定程度的缓解。2000年，济宁市公房租金提高到2.58元/平方米，考虑到直管公房住户多数为低收入家庭，直管公房租金标准未再同步上调，仍为每平方米使用面积2.07元，仅为市场平均租金的三分之一。2004年，济宁市开始实行廉租住房政策，在开泰花园新建的1.05万平方米、153户廉租房移交古槐房管所管理，廉租房租金标准确定为1元/平方米。2005年，有300多个直管公房家庭享受廉租房租金核减政策。针对直管公房私自转租转让、拖欠房租及空置不用等现象，市建委、市国资委于1996年10月4日联合下发《关于开展市区直管公房清理整顿工作的通知》，对市区直管公房进行全面清理整顿，同时推行公房租赁保证金制度。经市物价部门的批准，保证金收取标准为每平方米平房10元、楼房20元，住户退租时保证金退还本人。通过清理整顿，收回了一批违法转租的公房。2000年，换发直管公房租赁账证时，市房管局组织专业人员，开发了济宁市公房账证管理系统，将现代管理技术应用到这一传统业务中。将手工填写账证，变成计算机缮证，计算机管账，直管公房实现了规范、准确、快捷的管理。2004年，将济宁市公房账证管理系统升级为济宁市公房管理系统，将公房租赁证进一步简化精炼，更便于打印，账本直接由系统生成。同时，将各房管所房租收入月报和城市直管公房增减变动月报表改为磁盘报送或通过电子邮件报送，使直管公房统计报表工作更易于管理。在房改提租的同时，曲阜全部、兖州部分直管公房按房改政策出售。2005年，全市共有直管公房36.87万平方米，其中，市区27.12万平方米6520户，曲阜市2.5万平方米，兖州市7.25万平方米。2005年后，不再建设直管公房。
单位自管房
1991年，全市单位自管房占城镇房屋总量的80%，其中城市住房公有比重占95%以上。此后，随着经济的快速发展，单位加快办公和职工住房条件的改善，自建或购买房屋量大增。尤其是商品住宅，多数为单位购买。对单位新增房屋，房管部门均能及时给予办理交易和权属登记，颁发城镇公有房屋所有权证。1995年，住房制度改革进入全面实施阶段，单位自管住宅开始向职工出售，1996年，公房出售形成高潮，至2010年年底，市区共出售公有住房500万平方米。除个别特殊情况外，单位公有住房全部出售给个人。随着经济体制改革的不断深入，原公有制企业及部分事业单位改制为股份制及民营性质，其房屋的原公有性质发生了根本变化。在房产行政管理中，除政府机关及全民所有制单位的房产仍作为公房外，其他性质单位的房产不再作为公房的范畴进行管理。