1991年，济宁市中级人民法院设政治处、办公室、机关党委、政策研究室、刑事审判庭、民事审判庭、经济审判庭、行政审判庭、告诉申诉庭、执行庭、纪检组、监察室、法律业余大学济宁分部等庭、处、室，设市中区、任城区法院和曲阜、兖州、泗水、邹县、微山、鱼台、金乡、嘉祥、汶上、梁山10个县（市）法院。
1991年8月，成立经济纠纷调解中心。1994年7月，撤销经济审判庭，设立经济审判第一庭；撤销经济调解中心，设立经济审判第二庭。1995年1月，市中级人民法院设立赔偿委员会，下设办公室，负责审理司法赔偿案件。1997年9月，撤销告诉申诉庭，改为审判监督庭，设立立案庭。1997年8月，市中级人民法院设政治部，内设人事科、教育科。9月，法警大队更名为司法警察支队，基层法院分别挂牌成立司法警察大队。1999年，设立法官培训中心，为经费自理的科级机关直属服务性事业单位。2000年6月，撤销执行庭，设立执行局，内设执行一庭、执行二庭。2002年6月，执行局增设综合处，协调中级人民法院与基层人民法院相互配合的重大、疑难案件的执行工作。经济审判第一庭改为民事审判第二庭，经济审判第二庭改为民事审判第四庭。2005年4月，成立民事审判第五庭，负责审理知识产权和涉外商事案件。同年，成立机关工会。2006年3月，政治部增设法官管理处。2006年12月，经最高人民法院批准，成立济宁高新区人民法院，为市中级人民法院的派出机构，行使基层法院的职权。2010年7月，增设北湖新区审判庭。
2010年，济宁市中级人民法院设政治部（组织人事处、法官管理处、教育培训处）、办公室、机关党委、研究室、刑事审判第一庭、刑事审判第二庭、民事审判第一庭、民事审判第二庭、民事审判第三庭、民事审判第四庭、民事审判第五庭、立案庭、行政审判庭、执行一庭、执行二庭、综合处、北湖新区审判庭、审判管理办公室、纪检组、监察室、机关工会、法官培训中心等部、庭、处、室，设市中区、任城区法院和曲阜、兖州、泗水、邹县、微山、鱼台、金乡、嘉祥、汶上、梁山10个县（市）法院和1个派出法院（高新区人民法院）。
第三节 济宁市中级人民法院
视图
1991年，济宁市中级人民法院设政治处、办公室、机关党委、政策研究室、刑事审判庭、民事审判庭、经济审判庭、行政审判庭、告诉申诉庭、执行庭、纪检组、监察室、法律业余大学济宁分部等庭、处、室，设市中区、任城区法院和曲阜、兖州、泗水、邹县、微山、鱼台、金乡、嘉祥、汶上、梁山10个县（市）法院。
1991年8月，成立经济纠纷调解中心。1994年7月，撤销经济审判庭，设立经济审判第一庭；撤销经济调解中心，设立经济审判第二庭。1995年1月，市中级人民法院设立赔偿委员会，下设办公室，负责审理司法赔偿案件。1997年9月，撤销告诉申诉庭，改为审判监督庭，设立立案庭。1997年8月，市中级人民法院设政治部，内设人事科、教育科。9月，法警大队更名为司法警察支队，基层法院分别挂牌成立司法警察大队。1999年，设立法官培训中心，为经费自理的科级机关直属服务性事业单位。2000年6月，撤销执行庭，设立执行局，内设执行一庭、执行二庭。2002年6月，执行局增设综合处，协调中级人民法院与基层人民法院相互配合的重大、疑难案件的执行工作。经济审判第一庭改为民事审判第二庭，经济审判第二庭改为民事审判第四庭。2005年4月，成立民事审判第五庭，负责审理知识产权和涉外商事案件。同年，成立机关工会。2006年3月，政治部增设法官管理处。2006年12月，经最高人民法院批准，成立济宁高新区人民法院，为市中级人民法院的派出机构，行使基层法院的职权。2010年7月，增设北湖新区审判庭。
2010年，济宁市中级人民法院设政治部（组织人事处、法官管理处、教育培训处）、办公室、机关党委、研究室、刑事审判第一庭、刑事审判第二庭、民事审判第一庭、民事审判第二庭、民事审判第三庭、民事审判第四庭、民事审判第五庭、立案庭、行政审判庭、执行一庭、执行二庭、综合处、北湖新区审判庭、审判管理办公室、纪检组、监察室、机关工会、法官培训中心等部、庭、处、室，设市中区、任城区法院和曲阜、兖州、泗水、邹县、微山、鱼台、金乡、嘉祥、汶上、梁山10个县（市）法院和1个派出法院（高新区人民法院）。