1991年，济宁市人民检察院设办公室、政治部、机关党委、批捕处、起诉处、经济检察处、法纪处、监所检察处、民事行政检察处、控告申诉检察处、职务犯罪预防处、检察技术处、法律政策研究室、行政装备处、检察官培训中心等部、局、处室，设市中区、任城区检察院和兖州、曲阜、泗水、邹城、微山、鱼台、金乡、嘉祥、汶上、梁山10个县（市）人民检察院及1个派出检察院（欢城地区人民检察院）。
1994年，济宁市、县两级检察院在经济检察处的基础上，成立反贪污贿赂局。1997年，经济法纪犯罪案件举报中心成立。2000年4月，法纪检察处更名为渎职犯罪侦查局。2002年5月，成立职务犯罪大要案侦查指挥中心，在反贪污贿赂局设指挥中心办公室。2005年11月，渎职犯罪侦查局更名为反渎职侵权局。2006年，济宁市欢城地区人民检察院由微山迁址济宁城区，更名为济宁市城郊地区人民检察院，与济宁市人民检察院监所检察处合署办公。2008年3月，增设人大代表政协委员联络室；7月，督察巡视办公室更名为检务督察办公室。2010年，市人民检察院设办公室、政治部、机关党委、工会、侦查监督处、公诉一处、公诉二处、反贪污贿赂局、反渎职侵权局、监所检察处、民事行政检察处、控告申诉检察处（举报中心）、职务犯罪预防处、检察技术处、法律政策研究室、警务处（法警支队）、行政装备处、离退休干部处、纪检组（监察室）、检务督察办公室、信息管理处、人民监督员办公室、人大代表政协委员联络室、案件管理处和北湖新区直属检察处等部、局、处室，设市中区、任城区检察院和兖州、曲阜、泗水、邹城、微山、鱼台、金乡、嘉祥、汶上、梁山10个县（市）检察院及1个派出检察院（城郊地区人民检察院）。