1992年，市第二流浪未成年人救助保护中心依托市第二救助管理站挂牌，在全国属首批，在全省是第一家。1996年11月，兖州市流浪儿童救助保护中心成立。1991—2002年，全市共救助各类外流人员和被拐妇女儿童2.9万余人。2003年，国家收容遣送政策发生重大改变，由强制性收容遣送改为人性化救助管理，各级认真贯彻落实国务院《救助管理办法》和民政部《实施细则》，济宁、兖州收容遣送站分别更名为济宁市第一、第二救助管理站，建立完善救助管理制度，工作性质由收容遣送向救助管理进行实质性转变。同年，接待求助人员1376人，按规定救助1161人。2004年，加强救助管理站制度建设和配套设施建设。全市累计接待求助2046人，按规定救助1313人。2005年12月，在市第一救助管理站成立济宁市流浪儿童救助保护中心。全市接待求助2504人，按规定救助2197人。2008年，市政府明确济宁城区流浪乞讨病人救治定点医院和救治流程。2009年，依托市第一救助管理站成立市第一流浪未成年人救助保护中心，建筑面积5880平方米，设计床位180张。2010年，做好高温、寒冷天气以及重大节日的救助工作，全市开展街头巡回救助743次，发放救助管理联系卡、宣传材料3.8万份，采取提供食宿、医疗救治、护送回乡、购买返乡车票等多种方式，救助流浪乞讨人员6971人次，其中跨省救助3653人次，救助经费投入283万元。