20世纪90年代，在全市大力开展以破旧俗、树新风为主题和以平坟拉碑、退田还耕及制止封建迷信为主要内容的移风易俗活动，积极改革土葬，实行火葬。1992年，全市火化遗体4.25万具。1993年，成立殡葬协会，有会员单位16个，常务理事29人。1994年，市民政局成立济宁市婚丧事务管理所，具体负责查处城区内婚丧事公车私用和大操大办问题。1995年，全市火化遗体4.11万具。1996年，根据省政府办公厅《关于加强丧葬用地管理、坚决制止骨灰乱埋乱葬和滥建公墓的通知》，全市集中开展移风易俗宣传教育活动和平坟还耕活动，当年，扩大耕地1200余亩。1997年，曲阜市民政局等3个单位被评为全省殡葬改革先进单位，5人被评为全省殡葬改革先进个人。2001年，市政府出台《济宁市殡葬管理办法》，全市殡葬改革工作走上法制化、制度化轨道。2002年，曲阜市殡仪馆和邹城市殡仪馆被评为国家二级殡仪馆。1991—2010年，全市殡仪馆共火化遗体88万多具，年火化率保持在98%以上。2010年，全市建有殡仪馆13处，殡仪馆职工总人数460人，运尸车辆50辆，火化炉40台，固定资产7456万元。开始免除城乡低保户等困难群众和特殊群体的基本殡葬服务费用，市民政局获得全国殡葬改革工作先进单位称号。
根据殡葬改革需要和全市殡葬设施建设规划，1993—2009年，相继建设了邹城朱山、泗水无影山、金乡羊山、曲阜百龄园、济宁银河、汶上彩山、微山桃花山、济宁汉林苑、嘉祥青山等9处经营性公墓。2010年，泗水无影山公墓被评为省民政系统行风建设示范单位。