1990年后，全市旧城改造进入鼎盛时期，房屋权属登记主要是房屋拆迁后的变更登记、危房改建后的增减变更及房屋转移登记。1992年，市建委房地产管理科负责全市房产管理并具体负责市区各类房屋的确权发证工作。1993年4月，为加强房屋产权产籍的管理，市建委进一步明确房屋确权发证工作程序，房屋的初始登记、变更登记由4个房管所按辖区分别受理初审，房屋的转移登记由市房产交易处受理，统一报房地产科审批发证。1997年10月，建设部发布《城市房屋权属登记管理办法》，规定直辖市、市、县人民政府房地产行政主管部门负责本行政区域内的房屋权属登记管理工作。济宁市经省建设厅批准11个合法的发证机关，并报建设部注册，分别为济宁市和曲阜、微山、嘉祥、鱼台、泗水、梁山、金乡7县（市）人民政府，汶上、兖州、邹城3县（市）房产管理局。
1997年8月17日，省建设厅转发建设部《关于制作颁发全国统一房屋权属证书的通知》，规定自1998年7月1日起启用全国统一的房屋权属证书，同时规定：“未设人民政府房地产管理部门的市、县，由人民政府作为发证机关，并委托下属房地产管理单位具体办理房屋权属登记发证工作。”由于当时济宁市尚未设立房管局，济宁市在建设部订购的新房权证的发证机关仍为济宁市政府，市建委为具体签发机关。1998年5月18日，市建委下发《关于济宁市换发全国统一房屋权属证书的通知》，当月召开全市换证工作动员大会，并进行广泛宣传。1998年7月，全市开始换发新证，1999年换证工作基本结束，市区共换发新证10万余件，占应换证的96.7%。为了配合住房制度改革，市建委于1997年年初专门设立房改房发证办公室，挂靠房地产管理科，负责办理市区房改房发证工作。2000年7月26日，市建委批准市中区建委为初审单位，负责金城、观音阁、南苑、仙营4个街道所属单位及居民房屋的权属登记初审工作，凡在此之前领取市中区制发的房权证书的，可通过市中区建委申请统一换发新证，进一步规范了全市房屋权属登记发证秩序。至2004年年底，共办理房改房发证3万余件，约占应发证的50%。针对一些单位房改房因历史原因不能提供完整的产权资料而无法确权发证的突出问题，根据省政府《关于深化住房制度改革，进一步开放和搞活住房二级市场的意见》，借鉴济南等市的做法，市房管局、市住房委办公室于2005年1月11日联合下发《关于进一步加快房改房确权发证工作的意见》，规定单位房改房因历史遗留的用地、规划等原因，无法完整提供确权资料，而未取得房权证的，由售房单位具结“出售公房权属登记保证书”，依据已确权资料，房管局先为职工个人确权发证。此项政策的出台，基本解决了房改房确权的瓶颈问题，加快了房改房发证进度。至2005年年底，发证率达80%，促进了公房上市出售，进一步激活了住房二级市场。
1999年起，商品房按揭、在建工程及房地产抵押登记开始起步。随着房地产业的快速发展，房地产市场日趋活跃，房屋权属登记业务量逐年增加，连续三年每年平均房地产抵押4500余宗，商品房按揭6000余宗，在建工程抵押30余宗。为提高产权产籍管理人员的业务水平，1995—2010年，市及各县（市、区）参加建设部、省建设厅举办的各类房产业务培训班参训700余人次，所有工作人员持证上岗，保证了房管工作需要。
2000年2月23日，经市政府批准设立副县级房产管理局。根据市政府要求，2001年2月，申请省建设厅将房屋权属登记发证机关变更为济宁市房产管理局。2003年9月30日正式挂牌办公。2002年6月18日，按市政府和市建委的统一部署，房屋权属登记事项入驻济宁市行政审批中心，设立房屋权属登记窗口，实现了计算机管理。2002年6月，市房管局统一为各初审单位制作政务公开栏，房产管理政策、法规依据、收费标准、办事时限等统一上墙，申请人申请登记时实行一次性告知制度。根据建设部关于《房屋权属登记简化程序的意见》和市建委的统一要求，市房产管理局再次修订房屋权属登记的办事时限为：初始登记、变更登记、转移登记为5个工作日，他项权利登记、注销登记为3个工作日。印制宣传资料，组织各初审单位工作人员在城区宣传发放，并在《济宁日报》刊登服务内容办事时限等内容，接受社会监督。2002年12月起，市房管局对济宁曲阜新区的公私房屋实行登记发证，由曲阜新区建设局和市房产交易处负责初审、领证。
2002年9月，市建委依据《房产测绘规范》（GB/T17986—2000）的国家标准，结合济宁市实际，制定《济宁市房产测绘实施细则》，对房产面积测算，特别是公共面积的分摊方法、房产平面图的制作、房产测绘成果的应用和管理作了更加明确的规定。2002年12月30日，成立济宁市房产测绘中心，自筹资金购买先进的测绘仪器，招聘专业技术人员，按《房产测绘规范》（GB/T17986—2000）作业。高科技、高技术在房产测绘中得到应用，建立了房产测绘成果资料库，加强了测绘成果资料的统一管理和利用，有效地维护了房地产市场秩序和权利人的合法权益，促进了权属登记、交易、租赁、评估、抵押、拆迁等工作，杜绝了商品房销售中的面积纠纷。
2003年7月，市建委下发《关于加强房产测绘管理工作的通知》。规定，凡在2003年7月1日后竣工或预售的商品房，必须委托房产测绘机构进行测绘，开发企业凭测绘成果申请预（销）售商品房。2004年，房产测绘全部实现计算机管理，测绘成果直接打印在房屋所有权证书上，解决了长期以来手工绘制粘贴图纸的落后局面，基本达到了以图管房、以图查房的目的。2005年3月，市房管局设立房产服务大厅，投资45万元购置先进的服务设备，铺设济宁市行政审批中心与市房管局相连接的专线光缆，实现了全市房产业务的网上审批，房屋产权管理、廉租住房、直管公房、房屋安全鉴定、房产测绘等项管理均在大厅设立对外服务窗口，实现了房屋权属登记、审批、发证一条龙服务，提高了工作效率，方便了人民群众。市房产管理局投资10万元建立房产档案室，配备专职档案管理人员，整理上架10余万宗房产档案，结束了长达15年房产档案分散存放、管理的混乱状况。同年7月4日，市房管局在济宁高新区设立办事处，负责高新区内的房屋初始、变更登记的初审、领证工作，权利人就近就可办理房屋权属登记，方便了群众。2005年，全年发证2.6万余件，其中他项权证1万余件。2006—2010年，共发证16.8万件，其中他项权证10.2万件。
第一节 产权产籍管理
视图
1990年后，全市旧城改造进入鼎盛时期，房屋权属登记主要是房屋拆迁后的变更登记、危房改建后的增减变更及房屋转移登记。1992年，市建委房地产管理科负责全市房产管理并具体负责市区各类房屋的确权发证工作。1993年4月，为加强房屋产权产籍的管理，市建委进一步明确房屋确权发证工作程序，房屋的初始登记、变更登记由4个房管所按辖区分别受理初审，房屋的转移登记由市房产交易处受理，统一报房地产科审批发证。1997年10月，建设部发布《城市房屋权属登记管理办法》，规定直辖市、市、县人民政府房地产行政主管部门负责本行政区域内的房屋权属登记管理工作。济宁市经省建设厅批准11个合法的发证机关，并报建设部注册，分别为济宁市和曲阜、微山、嘉祥、鱼台、泗水、梁山、金乡7县（市）人民政府，汶上、兖州、邹城3县（市）房产管理局。
1997年8月17日，省建设厅转发建设部《关于制作颁发全国统一房屋权属证书的通知》，规定自1998年7月1日起启用全国统一的房屋权属证书，同时规定：“未设人民政府房地产管理部门的市、县，由人民政府作为发证机关，并委托下属房地产管理单位具体办理房屋权属登记发证工作。”由于当时济宁市尚未设立房管局，济宁市在建设部订购的新房权证的发证机关仍为济宁市政府，市建委为具体签发机关。1998年5月18日，市建委下发《关于济宁市换发全国统一房屋权属证书的通知》，当月召开全市换证工作动员大会，并进行广泛宣传。1998年7月，全市开始换发新证，1999年换证工作基本结束，市区共换发新证10万余件，占应换证的96.7%。为了配合住房制度改革，市建委于1997年年初专门设立房改房发证办公室，挂靠房地产管理科，负责办理市区房改房发证工作。2000年7月26日，市建委批准市中区建委为初审单位，负责金城、观音阁、南苑、仙营4个街道所属单位及居民房屋的权属登记初审工作，凡在此之前领取市中区制发的房权证书的，可通过市中区建委申请统一换发新证，进一步规范了全市房屋权属登记发证秩序。至2004年年底，共办理房改房发证3万余件，约占应发证的50%。针对一些单位房改房因历史原因不能提供完整的产权资料而无法确权发证的突出问题，根据省政府《关于深化住房制度改革，进一步开放和搞活住房二级市场的意见》，借鉴济南等市的做法，市房管局、市住房委办公室于2005年1月11日联合下发《关于进一步加快房改房确权发证工作的意见》，规定单位房改房因历史遗留的用地、规划等原因，无法完整提供确权资料，而未取得房权证的，由售房单位具结“出售公房权属登记保证书”，依据已确权资料，房管局先为职工个人确权发证。此项政策的出台，基本解决了房改房确权的瓶颈问题，加快了房改房发证进度。至2005年年底，发证率达80%，促进了公房上市出售，进一步激活了住房二级市场。
1999年起，商品房按揭、在建工程及房地产抵押登记开始起步。随着房地产业的快速发展，房地产市场日趋活跃，房屋权属登记业务量逐年增加，连续三年每年平均房地产抵押4500余宗，商品房按揭6000余宗，在建工程抵押30余宗。为提高产权产籍管理人员的业务水平，1995—2010年，市及各县（市、区）参加建设部、省建设厅举办的各类房产业务培训班参训700余人次，所有工作人员持证上岗，保证了房管工作需要。
2000年2月23日，经市政府批准设立副县级房产管理局。根据市政府要求，2001年2月，申请省建设厅将房屋权属登记发证机关变更为济宁市房产管理局。2003年9月30日正式挂牌办公。2002年6月18日，按市政府和市建委的统一部署，房屋权属登记事项入驻济宁市行政审批中心，设立房屋权属登记窗口，实现了计算机管理。2002年6月，市房管局统一为各初审单位制作政务公开栏，房产管理政策、法规依据、收费标准、办事时限等统一上墙，申请人申请登记时实行一次性告知制度。根据建设部关于《房屋权属登记简化程序的意见》和市建委的统一要求，市房产管理局再次修订房屋权属登记的办事时限为：初始登记、变更登记、转移登记为5个工作日，他项权利登记、注销登记为3个工作日。印制宣传资料，组织各初审单位工作人员在城区宣传发放，并在《济宁日报》刊登服务内容办事时限等内容，接受社会监督。2002年12月起，市房管局对济宁曲阜新区的公私房屋实行登记发证，由曲阜新区建设局和市房产交易处负责初审、领证。
2002年9月，市建委依据《房产测绘规范》（GB/T17986—2000）的国家标准，结合济宁市实际，制定《济宁市房产测绘实施细则》，对房产面积测算，特别是公共面积的分摊方法、房产平面图的制作、房产测绘成果的应用和管理作了更加明确的规定。2002年12月30日，成立济宁市房产测绘中心，自筹资金购买先进的测绘仪器，招聘专业技术人员，按《房产测绘规范》（GB/T17986—2000）作业。高科技、高技术在房产测绘中得到应用，建立了房产测绘成果资料库，加强了测绘成果资料的统一管理和利用，有效地维护了房地产市场秩序和权利人的合法权益，促进了权属登记、交易、租赁、评估、抵押、拆迁等工作，杜绝了商品房销售中的面积纠纷。
2003年7月，市建委下发《关于加强房产测绘管理工作的通知》。规定，凡在2003年7月1日后竣工或预售的商品房，必须委托房产测绘机构进行测绘，开发企业凭测绘成果申请预（销）售商品房。2004年，房产测绘全部实现计算机管理，测绘成果直接打印在房屋所有权证书上，解决了长期以来手工绘制粘贴图纸的落后局面，基本达到了以图管房、以图查房的目的。2005年3月，市房管局设立房产服务大厅，投资45万元购置先进的服务设备，铺设济宁市行政审批中心与市房管局相连接的专线光缆，实现了全市房产业务的网上审批，房屋产权管理、廉租住房、直管公房、房屋安全鉴定、房产测绘等项管理均在大厅设立对外服务窗口，实现了房屋权属登记、审批、发证一条龙服务，提高了工作效率，方便了人民群众。市房产管理局投资10万元建立房产档案室，配备专职档案管理人员，整理上架10余万宗房产档案，结束了长达15年房产档案分散存放、管理的混乱状况。同年7月4日，市房管局在济宁高新区设立办事处，负责高新区内的房屋初始、变更登记的初审、领证工作，权利人就近就可办理房屋权属登记，方便了群众。2005年，全年发证2.6万余件，其中他项权证1万余件。2006—2010年，共发证16.8万件，其中他项权证10.2万件。