机构设置
1989年，市民政局设立社团登记管理科，编制3人，负责社会团体的登记与管理工作。1990年，各县（市、区）民政部门设置社会团体登记和管理工作人员岗位，和其他业务合署办公。2002年，设立济宁市民间组织管理处，副县级单位，挂济宁市社会团体登记管理办公室和济宁市民办非企业单位登记管理办公室的牌子，事业编制10人，各县（市、区）也随之设立副科级的民间组织管理机构。2007年4月，市民间组织管理处更名为济宁市民间组织管理局，加挂济宁市民间组织执法检察局牌子，设社会团体登记管理科、民办非企业和涉外民间组织登记管理科、执法监督科。至2010年，全市有11个县（市、区）设立独立的民间组织管理办公室（民间组织管理局）。
登记管理
1990年，市民政局社团登记管理科挂牌后，开始对社会团体进行登记。1991年，市民政局、市工商局联合发文，就社团开办实体工作进行明确规定：已经在工商部门注册的社团开办的实体，是以营利为目的的，要脱离经营关系；不以营利为目的的，要经民政部门同意后到工商部门注册。1996年，印发《关于社会团体开展经营活动的通知》，已登记社团开展经营项目的，要经民政部门同意后到工商部门办理企业注册登记，其税后收入不得用于分配，要用于社团的自身发展。1998年，国务院颁布《民办非企业单位登记管理暂行条例》后，开始对民办非企业单位进行登记。2002年后，在农村和社区开始出现大量的农村经济协会和社区民间组织，农村经济协会和社区民间组织作为社会团体和民办非企业单位的一部分，在服务新农村建设和社区建设中发挥了巨大作用。为赋予其合法地位，民政部门结合实际，降低登记门槛，对农村经济协会和社区民间组织进行登记。1991—2010年，全市社会团体登记1545个，其中市级社会团体254个，县级社会团体1291个；民办非企业单位登记1609个，其中市级民办非企业单位131个，县级民办非企业单位1478个。
复查登记
1993年，全市村级社团进行调查摸底和登记，经过调查摸底，村级社团主要是红白理事会、计划生育协会、扶贫储金会3种，符合登记条件的数量很少。当年，全市登记村级社团6个，备案9908个。1997年1月，召开民办非企业单位摸底调查会议，市直和各县（市、区）民政部门深入到社区、村居进行民办非企业单位的调查摸底工作，据统计，全市共有各类民办非企业单位14263个。2000年，在任城区召开民办非企业单位复查登记工作会议，提出对符合条件的民办非企业单位进行复查登记。2001年，按照民政部颁布的《社会团体分支机构代表机构登记办法》，社会团体的分支机构、代表机构由原来的备案改为登记。当年，全市登记民办非企业单位2050个。2002年，新兴的农村经济协会在广大农村呈现迅速发展态势，为此，对全市农村经济协会发展情况进行调查摸底，并对农村经济协会的培育发展及登记工作进行细致探讨，确定金乡、任城、兖州、曲阜、邹城5个县（市、区）作为试点。贯彻落实民政部23号令精神，在全市开展社会团体分支机构复查登记工作，完成对126个符合条件的社团分支机构进行登记；民办非企业单位复查登记工作顺利通过省民政厅验收，进入先进行列。
2003年，市民政局根据调研情况，结合全市农村工作实际，初步确定全市农村经济协会的发展目标是：通过2～3年的努力，市里重点建设好畜业、禽业、渔业、苗木花卉、林果、中药材、蔬菜、瓜果、粮棉油、劳务输出等十大市级专业协会，重点抓好50个县级样板专业协会。县（市、区）围绕当地的主导产业和优势产品，抓好县乡村三个层面各种专业协会的建设，形成以市级协会为指导、县级协会为龙头、乡级协会为主体、村级协会为基础的组织网络体系，力争使全市农村经济协会覆盖所有乡镇，辐射50%以上的村和30%以上的农户。6月，在试点的基础上，在金乡召开培育发展农村经济协会工作现场会，确定对农村经济协会降低门槛登记，制定培育发展农村经济协会规划，建立农村经济协会联系点制度。至此，农村经济协会培育发展工作全面铺开。
2004年9月，民政部在烟台召开全国发展农村经济协会工作会议，济宁市在大会上作书面交流。全市登记农村经济协会430个，其中分布在农业169个、林业33个、畜牧121个、水产35个、其他72个，吸纳会员45万户，拥有固定资产3220.5万元，建立各类生产基地230余万亩，年创经济效益15亿元。同年，按照调查摸底、登记和检查验收三个阶段进行的社区民间组织登记工作全面铺开。2006—2007年，相继出台《关于培育和管理社区民间组织的意见》《济宁市社区民间组织登记备案管理暂行办法》，明确降低登记门槛的具体标准和备案的管理要求，提出重点培育自治类、权益类、共建类、活动类、服务类和救助类六类社区民间组织，同时提出培育发展社区民间组织的具体措施。通过对社区民间组织登记，基本达到以调整城市民间组织结构和规范社区民间组织行为的目的。
年检制度 1992年初，对1991年新成立的10个社会团体中进行社会团体年检试点工作，按照社团自查和登记管理机关检查验收两个步骤，给出社会团体年度检查结论，这是民政部门对社会团体进行登记管理后，第一次对社会团体实施年度检查。同时，按照《社会团体登记管理条例》的规定，每年对社会团体进行年度检查。1993年，在全市进行第一次大规模年检，参检社团1044个，年检合格率83.6%。2003年，突出对社会团体的财务审计检查，在全省年检工作会议上作题为《加强社团审计促进社团健康发展》的典型发言。2004年始，参检社团优秀单位进行公示，民间组织年检率98%，合格率100%，确定76个社团和12个民非单位为“2003年度年检优秀单位”。
2005年，全市共有3614个民间组织，应参检3174个，年检完毕3160个，年检率达到99%，其中年检合格的占96%。24个市直社团和12个民非单位被确定为2004年度年检优秀单位。2007年，民间组织参检率达到90%，合格率达到94%。2008年，69个市管社会团体和36个市管民办非企业单位被评定为优秀，同时，按照相关规定，对连续2年未参加年检的53个市管社会团体和19个市管民办非企业单位，给予撤销登记。2009年，把行业协会是否达到“四分离”（人员、机构、职能、财务与业务主管单位实现分离）要求作为检查重点，市直55个行业社团中，有54个达到人员分离，54个达到住所分离，业务主管单位全部赋予职能，全部单独设立银行账户。2010年，社会组织参检2471家，其中合格2380家，参检合格率达96%。
行政管理制度 1993年，撤销和注销17个社团。1995年，建立社团年检考核制度，对违章、违纪、管理松散的社团实行重点管理制度和跟踪服务制度。对不按时年检的26个社团进行警告处分，并限期三个月进行整改。2003年，在全市开展民间组织管理执法年活动，将汶上县作为工作试点。2005年，市民政局印发《济宁市查处非法民间组织和民间组织非法活动的预案》，规定查处程序，提出建立联络员制度和县、乡、村三级监督网络。2006年9月，为在民间组织中形成吸引人才、留住人才、才尽其用的良好用人机制，对民间组织实施编制化管理和人事代理制度，保障民间组织从业人员的合法权益。2007年，出台《济宁市民间组织管理暂行办法》，对加快发展、规范行为、整合结构、提高社会公信力和加强扶持培育力度提出具体措施，要求建立民间组织管理工作长效工作机制。
2008年1月，实行民间组织双向信息交流制度，使业务主管部门和上级民间组织掌握相关民间组织的准确信息，保障决策的科学性和准确性。2009年1月，市民政局印发《关于规范社会团体收费行为的通知》，进一步规范社团会费、行政事业性收费、经营服务性收费、捐赠收入等社团收费行为。4月，市政府印发《关于建立社会组织执法监察协同机制的意见》，提出建立党委政府统一领导，民政部门牵头，相关部门共同参与、各司其职、协同配合的社会组织执法监察工作格局。2010年，市民政局印发《关于严禁社会团体强制企业入会等有关问题通知》，有效制止个别社会团体违反章程和规定，强制或变相强制企业入会的现象。
清理整顿 1991—2010年，社会团体的登记管理工作共进行3次清理整顿。第一次完成社会团体归口登记工作，第二次完成社会团体换发全国统一登记证书工作，第三次完成社会组织的“四分离”工作。1991年初，在兖州市和市直机械、卫生两个系统进行清理整顿试点。8月，召开市级社会团体清理整顿动员大会，社会团体的登记工作正式由民政部门负责。同年，全市审批新成立社会团体10个，参加清理整顿社团1161个，登记941个，登记率81%。1996年，首次对新登记成立社团进行验资，并对社团秘书长进行社团业务知识培训。
1998年，在任城区召开全市社会团体审计工作现场会，对社团清理整顿和财务审计工作进行部署。当年，注销市直社团93个，限期整顿社团38个，县级社团注销与合并377个。1999年，省民政厅对社会团体清理整顿工作进行检查验收，市民政局被省民政厅评为先进单位。2001年，全面完成非法人社会团体变更为社会团体法人工作，307个社会团体换发社会团体法人登记证书。
2008年，市委、市政府建立纪检监察、组织、宣传、人事、发改、民政等17个部门参加的联席会议制度，市民政局牵头，抽调公安、财政、监察、民政等部门工作人员组成清理整顿办公室。通过清理整顿，社团的人员、机构、职能、财务与其业务主管单位实现基本分离。全市参加清理整顿的1595个社会团体中，有1257个与业务主管单位实现住所分离，1280个单独设立银行账户实现财务分离，1359个社团被赋予相应社团职能，356名公务员退出社团职务。参加清理整顿的199个行业协会中，有122个实现四分离，54个被责令限期整改，23个被注销登记。7月，出台《济宁市民间组织管理暂行办法》，开始建立民间组织管理工作长效工作机制。
党建和兼职制度 1999年，中组部、民政部印发《关于在社会团体中建立党组织有关问题的通知》，明确规定专职人员中有3名以上党员的，必须建立党组织；进一步规范领导干部兼职行为，规定凡是在职副县级以上领导干部兼任社团副秘书长以上职务的，必须有组织部门的书面同意意见。2002年，对全市民间组织建立党组织的情况进行调查摸底，全市社团建立党组织84个。2010年4月，市委、市委组织部分别印发《关于成立中共济宁市委社会组织工作委员会的通知》《关于公布中共济宁市委社会组织工作委员会委员的通知》，公布济宁市社会组织工作委员会书记、副书记和委员组成人员，并按照省委要求，市级及12个县（市、区）全部组建成立社会组织党工委，实现了党工委领导体制全覆盖，走在全省前列。7月，市委召开全市社会组织党工委成立暨创先争优活动推进大会，市社会组织党工委召开了第一次全体会议，明确社会组织党建工作责任，初步建立“党委领导、组织部门牵头总抓、党工委协调指导、行业党委为依托”的社会组织党建领导体制的工作运行机制。
第一节 民间组织管理
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机构设置
1989年，市民政局设立社团登记管理科，编制3人，负责社会团体的登记与管理工作。1990年，各县（市、区）民政部门设置社会团体登记和管理工作人员岗位，和其他业务合署办公。2002年，设立济宁市民间组织管理处，副县级单位，挂济宁市社会团体登记管理办公室和济宁市民办非企业单位登记管理办公室的牌子，事业编制10人，各县（市、区）也随之设立副科级的民间组织管理机构。2007年4月，市民间组织管理处更名为济宁市民间组织管理局，加挂济宁市民间组织执法检察局牌子，设社会团体登记管理科、民办非企业和涉外民间组织登记管理科、执法监督科。至2010年，全市有11个县（市、区）设立独立的民间组织管理办公室（民间组织管理局）。
登记管理
1990年，市民政局社团登记管理科挂牌后，开始对社会团体进行登记。1991年，市民政局、市工商局联合发文，就社团开办实体工作进行明确规定：已经在工商部门注册的社团开办的实体，是以营利为目的的，要脱离经营关系；不以营利为目的的，要经民政部门同意后到工商部门注册。1996年，印发《关于社会团体开展经营活动的通知》，已登记社团开展经营项目的，要经民政部门同意后到工商部门办理企业注册登记，其税后收入不得用于分配，要用于社团的自身发展。1998年，国务院颁布《民办非企业单位登记管理暂行条例》后，开始对民办非企业单位进行登记。2002年后，在农村和社区开始出现大量的农村经济协会和社区民间组织，农村经济协会和社区民间组织作为社会团体和民办非企业单位的一部分，在服务新农村建设和社区建设中发挥了巨大作用。为赋予其合法地位，民政部门结合实际，降低登记门槛，对农村经济协会和社区民间组织进行登记。1991—2010年，全市社会团体登记1545个，其中市级社会团体254个，县级社会团体1291个；民办非企业单位登记1609个，其中市级民办非企业单位131个，县级民办非企业单位1478个。
复查登记
1993年，全市村级社团进行调查摸底和登记，经过调查摸底，村级社团主要是红白理事会、计划生育协会、扶贫储金会3种，符合登记条件的数量很少。当年，全市登记村级社团6个，备案9908个。1997年1月，召开民办非企业单位摸底调查会议，市直和各县（市、区）民政部门深入到社区、村居进行民办非企业单位的调查摸底工作，据统计，全市共有各类民办非企业单位14263个。2000年，在任城区召开民办非企业单位复查登记工作会议，提出对符合条件的民办非企业单位进行复查登记。2001年，按照民政部颁布的《社会团体分支机构代表机构登记办法》，社会团体的分支机构、代表机构由原来的备案改为登记。当年，全市登记民办非企业单位2050个。2002年，新兴的农村经济协会在广大农村呈现迅速发展态势，为此，对全市农村经济协会发展情况进行调查摸底，并对农村经济协会的培育发展及登记工作进行细致探讨，确定金乡、任城、兖州、曲阜、邹城5个县（市、区）作为试点。贯彻落实民政部23号令精神，在全市开展社会团体分支机构复查登记工作，完成对126个符合条件的社团分支机构进行登记；民办非企业单位复查登记工作顺利通过省民政厅验收，进入先进行列。
2003年，市民政局根据调研情况，结合全市农村工作实际，初步确定全市农村经济协会的发展目标是：通过2～3年的努力，市里重点建设好畜业、禽业、渔业、苗木花卉、林果、中药材、蔬菜、瓜果、粮棉油、劳务输出等十大市级专业协会，重点抓好50个县级样板专业协会。县（市、区）围绕当地的主导产业和优势产品，抓好县乡村三个层面各种专业协会的建设，形成以市级协会为指导、县级协会为龙头、乡级协会为主体、村级协会为基础的组织网络体系，力争使全市农村经济协会覆盖所有乡镇，辐射50%以上的村和30%以上的农户。6月，在试点的基础上，在金乡召开培育发展农村经济协会工作现场会，确定对农村经济协会降低门槛登记，制定培育发展农村经济协会规划，建立农村经济协会联系点制度。至此，农村经济协会培育发展工作全面铺开。
2004年9月，民政部在烟台召开全国发展农村经济协会工作会议，济宁市在大会上作书面交流。全市登记农村经济协会430个，其中分布在农业169个、林业33个、畜牧121个、水产35个、其他72个，吸纳会员45万户，拥有固定资产3220.5万元，建立各类生产基地230余万亩，年创经济效益15亿元。同年，按照调查摸底、登记和检查验收三个阶段进行的社区民间组织登记工作全面铺开。2006—2007年，相继出台《关于培育和管理社区民间组织的意见》《济宁市社区民间组织登记备案管理暂行办法》，明确降低登记门槛的具体标准和备案的管理要求，提出重点培育自治类、权益类、共建类、活动类、服务类和救助类六类社区民间组织，同时提出培育发展社区民间组织的具体措施。通过对社区民间组织登记，基本达到以调整城市民间组织结构和规范社区民间组织行为的目的。
年检制度 1992年初，对1991年新成立的10个社会团体中进行社会团体年检试点工作，按照社团自查和登记管理机关检查验收两个步骤，给出社会团体年度检查结论，这是民政部门对社会团体进行登记管理后，第一次对社会团体实施年度检查。同时，按照《社会团体登记管理条例》的规定，每年对社会团体进行年度检查。1993年，在全市进行第一次大规模年检，参检社团1044个，年检合格率83.6%。2003年，突出对社会团体的财务审计检查，在全省年检工作会议上作题为《加强社团审计促进社团健康发展》的典型发言。2004年始，参检社团优秀单位进行公示，民间组织年检率98%，合格率100%，确定76个社团和12个民非单位为“2003年度年检优秀单位”。
2005年，全市共有3614个民间组织，应参检3174个，年检完毕3160个，年检率达到99%，其中年检合格的占96%。24个市直社团和12个民非单位被确定为2004年度年检优秀单位。2007年，民间组织参检率达到90%，合格率达到94%。2008年，69个市管社会团体和36个市管民办非企业单位被评定为优秀，同时，按照相关规定，对连续2年未参加年检的53个市管社会团体和19个市管民办非企业单位，给予撤销登记。2009年，把行业协会是否达到“四分离”（人员、机构、职能、财务与业务主管单位实现分离）要求作为检查重点，市直55个行业社团中，有54个达到人员分离，54个达到住所分离，业务主管单位全部赋予职能，全部单独设立银行账户。2010年，社会组织参检2471家，其中合格2380家，参检合格率达96%。
行政管理制度 1993年，撤销和注销17个社团。1995年，建立社团年检考核制度，对违章、违纪、管理松散的社团实行重点管理制度和跟踪服务制度。对不按时年检的26个社团进行警告处分，并限期三个月进行整改。2003年，在全市开展民间组织管理执法年活动，将汶上县作为工作试点。2005年，市民政局印发《济宁市查处非法民间组织和民间组织非法活动的预案》，规定查处程序，提出建立联络员制度和县、乡、村三级监督网络。2006年9月，为在民间组织中形成吸引人才、留住人才、才尽其用的良好用人机制，对民间组织实施编制化管理和人事代理制度，保障民间组织从业人员的合法权益。2007年，出台《济宁市民间组织管理暂行办法》，对加快发展、规范行为、整合结构、提高社会公信力和加强扶持培育力度提出具体措施，要求建立民间组织管理工作长效工作机制。
2008年1月，实行民间组织双向信息交流制度，使业务主管部门和上级民间组织掌握相关民间组织的准确信息，保障决策的科学性和准确性。2009年1月，市民政局印发《关于规范社会团体收费行为的通知》，进一步规范社团会费、行政事业性收费、经营服务性收费、捐赠收入等社团收费行为。4月，市政府印发《关于建立社会组织执法监察协同机制的意见》，提出建立党委政府统一领导，民政部门牵头，相关部门共同参与、各司其职、协同配合的社会组织执法监察工作格局。2010年，市民政局印发《关于严禁社会团体强制企业入会等有关问题通知》，有效制止个别社会团体违反章程和规定，强制或变相强制企业入会的现象。
清理整顿 1991—2010年，社会团体的登记管理工作共进行3次清理整顿。第一次完成社会团体归口登记工作，第二次完成社会团体换发全国统一登记证书工作，第三次完成社会组织的“四分离”工作。1991年初，在兖州市和市直机械、卫生两个系统进行清理整顿试点。8月，召开市级社会团体清理整顿动员大会，社会团体的登记工作正式由民政部门负责。同年，全市审批新成立社会团体10个，参加清理整顿社团1161个，登记941个，登记率81%。1996年，首次对新登记成立社团进行验资，并对社团秘书长进行社团业务知识培训。
1998年，在任城区召开全市社会团体审计工作现场会，对社团清理整顿和财务审计工作进行部署。当年，注销市直社团93个，限期整顿社团38个，县级社团注销与合并377个。1999年，省民政厅对社会团体清理整顿工作进行检查验收，市民政局被省民政厅评为先进单位。2001年，全面完成非法人社会团体变更为社会团体法人工作，307个社会团体换发社会团体法人登记证书。
2008年，市委、市政府建立纪检监察、组织、宣传、人事、发改、民政等17个部门参加的联席会议制度，市民政局牵头，抽调公安、财政、监察、民政等部门工作人员组成清理整顿办公室。通过清理整顿，社团的人员、机构、职能、财务与其业务主管单位实现基本分离。全市参加清理整顿的1595个社会团体中，有1257个与业务主管单位实现住所分离，1280个单独设立银行账户实现财务分离，1359个社团被赋予相应社团职能，356名公务员退出社团职务。参加清理整顿的199个行业协会中，有122个实现四分离，54个被责令限期整改，23个被注销登记。7月，出台《济宁市民间组织管理暂行办法》，开始建立民间组织管理工作长效工作机制。
党建和兼职制度 1999年，中组部、民政部印发《关于在社会团体中建立党组织有关问题的通知》，明确规定专职人员中有3名以上党员的，必须建立党组织；进一步规范领导干部兼职行为，规定凡是在职副县级以上领导干部兼任社团副秘书长以上职务的，必须有组织部门的书面同意意见。2002年，对全市民间组织建立党组织的情况进行调查摸底，全市社团建立党组织84个。2010年4月，市委、市委组织部分别印发《关于成立中共济宁市委社会组织工作委员会的通知》《关于公布中共济宁市委社会组织工作委员会委员的通知》，公布济宁市社会组织工作委员会书记、副书记和委员组成人员，并按照省委要求，市级及12个县（市、区）全部组建成立社会组织党工委，实现了党工委领导体制全覆盖，走在全省前列。7月，市委召开全市社会组织党工委成立暨创先争优活动推进大会，市社会组织党工委召开了第一次全体会议，明确社会组织党建工作责任，初步建立“党委领导、组织部门牵头总抓、党工委协调指导、行业党委为依托”的社会组织党建领导体制的工作运行机制。