1990—1991年，市政府先后出资500万元，帮助部队改建、扩建靶场和训练基地。1998年，突出做好随军家属、下岗“军嫂”安置工作，将41名安置任务下达到17个有关部门，做到按系统包干和就近安置。1999—2002年，全市各级共为部队建设投入资金4200万元，接收军转干部628名，其中94%的安排在党政机关和事业单位。1999年，“前卫99”演习部队途经济宁，市委、市政府为演习部队送去慰问画20幅、酱菜200箱、矿泉水200箱，泗水县为演习部队送去苹果300箱、火腿肠200箱，曲阜、嘉祥两地送去价值10万元的慰问物资。2000年，军委、空军命令新队调驻济宁，机场改扩建成为首要任务，市政府协调机场驻地6个村庄353亩土地，为部队扩建19万平方米新营区，在市城区新建4.5万平方米生活基地，市、县两级共投入资金180万元用于机场道路改建和营区绿化。同年，市政府建立100万元拥军优属保障基金，为驻军74个建制连队配备200多套电脑、打印机、投影仪等现代化教学设备，全市150个镇街相继建立拥军优属保障基金。2001年，市级拨款450万元、划拨土地72亩资助驻军预备役师营区搬迁；投入1100万元用于新建消防支队办公大楼和指挥中心、购买消防车辆；投入270万元建设济宁市军民共建医院。同年，济南军区组织“前卫—201”“C—01”“海舟1号”等演习，市政府向演习部队官兵赠送价值20余万元的慰问品，济宁市保障重点部队“后盾”工程被评为山东省2001年度“十佳双拥工程”。
2002年，市政府投入200万元用于军分区、人武部装备仓库改造，各县（市、区）也对人武部、预备役师部队和民兵训练基地全面改造。其中，市中区投入1200万元，建成占地50亩、建筑面积5000平方米的民兵训练基地。2003—2004年，在市预备役师东侧新建一处投资500万元、占地50余亩的双拥园。2005年，“和平使命—2005”中俄军事演习在山东半岛举行，济宁市担负驻军空军某机场参演部队三个师六个团1.8万多名官兵的军训、生活、交通、安全、卫生防疫等各项保障任务，先后组织20余批次慰问驻训和过往演习部队官兵活动，参加慰问人数5000余人次，发放慰问物资折款80余万元。同年，济宁市双拥办公室被省委、省政府评为拥军支前先进单位。2006年，济南军区“前卫—206”野战化集训途经济宁市，市委领导、军分区首长到济宁、曲阜服务区进行慰问。2009年，济宁市组成慰问团赴潍北靶场慰问预备役师、军分区演习部队。