2003年4月，市编委批准设立市慈善总会办公室，为全额预算事业单位。2004年3月，济宁市慈善总会筹备委员会成立，市政府拨款10万元作为开办经费，并拿出100万元作为慈善创始基金。2005年4月，济宁市慈善总会成立，有单位会员152个、个人会员24人。2006年，建立社会监督员制度。2007年，制定慈善全公开暂行办法，加大慈善公开力度，在全市范围开展“慈善公开周”和“慈善开放日”活动。市慈善总会成功承办由中华慈善总会举办的首届国际慈善论坛。2004年，组织开展全市“慈心一日捐”活动并确定每年定期开展。2010年，济宁“敞开式”慈善透明机制入选2010“中国年度慈善事件”，济宁慈善全公开经验在全省推广实施。市慈善总会先后获中华慈善事业突出贡献奖、中华慈善先进机构奖、全国先进社会组织、“中国慈善推动者”等荣誉称号，连年被评为全省慈善工作先进单位。省委宣传部把市慈善总会作为关注民生的先进典型，在全省进行集中宣传报道。全市先后有6个单位和个人获中华慈善（事业）突出贡献奖，13个单位和个人获山东慈善奖。
2008年5月19日，济宁市支援汶川的救灾物资紧急装运。
慈心一日捐
2004年，在全市组织开展“慈心一日捐”活动，并确定每年定期开展。至2010年，全市“慈心一日捐”活动累计接收社会各界捐款4.55亿元。市、县两级联动实施朝阳助学、情暖万家、夕阳扶老、爱心助残、康复助医、物资救助等六大慈善救助工程，累计发放慈善救助资金2.89亿元，惠及城乡困难群众24.86万人（户）。
市外援助
2008年5月12日，四川省汶川县遭受8.0级特大地震。全市各界开展支援灾区捐赠活动，慈善总会先后组织开展三次赈灾义演活动，全市慈善总会组织筹集赈灾款8406.93万元，先后分别派出医疗、公安、施工人员26人、50人、60人，分两批向对口支援的北川县马槽乡捐赠棉衣被、大米、帐篷、药品等生活急需物品和课桌椅、讲台、书包等教学用具，向灾区紧急调运活动板房308套、棉衣被1.3万件，捐赠物质折款共计1000余万元。2010年4月，青海玉树发生7.1级地震，全市慈善总会组织共接收各界抗震救灾捐款1411.16万元。2010年8月，甘肃舟曲遭受特大泥石流灾害，全市慈善总会组织迅速开展向灾区人民“送温暖、献爱心”捐助活动，共接收捐款77.93万元。
2004年10月29日，济宁市慈善总会资助建设的爱心扶贫超市开业。
