济宁市民政局是市政府主管社会行政事务的正县级行政单位。1991年，设人事秘书科、民政科、优抚科、社会科、安置科、社会福利生产管理科、地名管理办公室、基层政权建设科、计划财务科、社团管理科、法制信访科、监察室12个科室。1992年，增设老干部科、社会福利有奖募捐委员会办公室、人事劳资科。1994年10月，成立市农村社会养老保险事业管理处，为市民政局下属副县级事业单位，1999年10月，成建制划归市劳动和社会保障局。1996年12月，济宁市机构改革，市民政局设办公室（挂信访办牌子）、优抚科（市双拥工作领导小组办公室与其合署）、安置科（挂市退伍军人和军队离退休干部安置办公室牌子）、救灾救济科、基层政权建设科、区划地名科、社团管理科（挂社团管理办公室牌子）、社会事务科、社会福利科（挂市社会福利生产管理办公室牌子）、计划财务科、人事教育科11个科室，社会福利有奖募捐委员会办公室改为下属事业单位并更名为福利彩票发行中心。1998年8月设老干部科，与办公室合署办公。
2001年，市民政局进行机构改革，设办公室（挂信访办牌子）、优抚科（挂市双拥工作领导小组办公室牌子）、安置科（挂市退伍军人和军队离退休干部安置办公室牌子）、救灾救济科（挂城乡低保科牌子）、基层政权与社区建设科（挂社区服务、社会救助信息网络中心牌子）、区划地名科、社会福利科（挂市社会福利生产管理办公室牌子）、社会事务科、计划财务科、人事教育科（挂离退休干部科牌子）10个科室，民间组织管理处（挂市社会团体登记管理办公室和市民办非企业单位登记管理办公室牌子）为机关事业编制。2004年3月，单独设置城乡低保科。2010年10月，设市委社会组织工作委员会办公室，与市民间组织管理局合署。年底，市民政局设办公室（挂政策法规与行政许可科牌子）、优抚科（市双拥工作办公室与其合署）、安置科（挂市退伍军人和军队离退休干部安置办公室牌子）、救灾科、社会救助科、基层政权和社区建设科、区划地名科、社会福利和慈善事业促进科、社会事务科、规划财务科、人事科（挂离退休人员服务科牌子）、市民间组织管理局（挂市民间组织执法监察局牌子）12个科室（局）。