组织机构
1983年10月，济宁地区科学技术协会改为济宁市科学技术协会。至2010年，济宁市科学技术协会编制9人，设有办公室、科普部、科技事业部、学会部，所属事业单位有3个。
1991年，市科协所属市级学会（协会、研究会）20个，县市区科协10个，市级企事业单位科协4个。2001年所属市级学会（协会、研究会）30个，县市区科协12个，市级企事业单位科协17个，全市科协系统专职人员105人。1991—2010年，市科协联合组织、人事等部门开展七届优秀科技工作者评选活动，累计评选表彰全市优秀科技工作者542人；参与评选表彰全市青年科技人才四届92人；至2010年，向省以上推荐各类优秀科技人才112名，其中2006—2010年，有6人入选山东省优秀科技工作者，2人入选山东省青年科技奖。
科学普及
农村及城区科普 2000—2004年，市科协连续五年在全市实施“百千万”科普示范工程；2002年实施“村村通科普工程”；2006年开展“一站、一栏、一员”建设工作，2008年底“三个一”建设工作全部完成。2010年，全市各类科普示范基地650处，农村专业技术协会1000余个，科技示范户4万余家。全市建立科普宣传栏6458个，有科普志愿者队伍76支，专兼职科普宣传员1230人，城区科普活动场所1790处，科普画廊1722米，科普宣传栏2660个，科普街道36个。
青少年科普活动方面 1999—2010年，连续举办十一届青少年科技创新大赛和计算机奥林匹克竞赛，并积极组织青少年学生参加全省、全国的青少年竞赛，全市累计有近千名学生获市级奖励，有150余名学生在全国、全省获奖。2001年，济宁市科协联合教育等部门制定下发《关于加强青少年科普工作的意见》，召开全市青少年科普工作会议，成立青少年科技辅导员协会和五项学科奥林匹克竞赛管理委员会。2001—2010年，结合青少年素质教育，济宁市科协积极开展“大手拉小手”科普示范学校、教育基地创建等活动，受到广大青少年的欢迎。
全民科学素质工作 2006年12月，市政府成立全民科学素质工作领导小组，办公室设在市科协。加强对全市科普工作的统一领导，标志着全市贯彻落实《全民科学素质行动计划纲要》工作正式全面启动。通过每年“科普日”“科技活动周”等宣传活动的开展，市民的科学素质不断提升。2010年，第八次公民科学素养调查显示，山东公民基本具备科学素质的比例3.13%，济宁公民具备科学素质的比例基本达到全省平均水平。
学会活动
1991—2010年，市科协组织开展6届优秀论文评选活动，面向全市各级学会（协会、研究会）、县市区科协和企事业科协征集论文7067篇，推荐到市科协4368余篇，从中评出优秀论文3071篇；在此基础上，2008—2010年，开展两届自然科学学术创新奖成果评选，受理成果374项，评出获奖成果152项。2002年起，市科协组织相关学会并会同有关部门，每年开展一次综合性、多学科性、专题性学术研讨活动，先后组织开展“全市节水治污与南水北调工程对济宁经济发展影响”“农民增收与全面建设小康社会”“安全生产与可持续发展”“技术创新与可持续发展”“人与水·自然和谐发展，加速生态市建设”“节能环保·生态济宁”“依靠科技进步，推进鲁南经济带规划建设和中华文化标志城规划建设”“科技进步·济宁新农村建设”“低碳经济与济宁经济转型发展”等学术研讨活动，累计征集论文1552篇，评出获奖论文1236篇，分别编印出版论文集。结合学术活动，向党政领导和有关部门提交5篇科技工作者建议，促进决策的科学化和民主化。
老科协工作
1999年5月10日，济宁市老科技工作者协会成立。至2010年，市老科协下设工业、农业、卫生、教育、水利、林业、畜牧、法制、建设、新闻宣传、财政金融、渔业、能源13个专业委员会。12个县市区108个乡镇街道建有老科协组织，全市拥有会员8000多人。市老科协团结带领全市各级老科协及广大老科技工作者，“围绕中心，服务大局，发挥优势，奉献济宁”，大力开展调查研究、建言献策、服务“三农”、科普宣教等活动，促进济宁市经济发展、社会进步。先后获得全省老科协先进集体、全省离退休干部先进集体等省、市表彰奖励30项，5人被评为全国老科协工作先进个人，受到中国老科协表彰，46人次获省老科协先进工作者称号，135人次获市级优秀老科技工作者称号。2003年、2008年，市老科协连续二届被评为全省老干部工作先进集体，受到省委、省政府表彰；2006年，市老科协被评为全省老科协工作先进集体，受到省老科协表彰。