1991—2010年，九三学社济宁市委员会在济宁市委和九三学社山东省委的正确领导下，大力弘扬民主与科学精神，不断加强自身建设，充分发挥九三学社在科学技术方面人才、智力优势，围绕中心，服务大局，认真履行参政议政、民主监督、服务社会职能，为全市改革发展稳定作出积极贡献。
组织建设
1991年，孙悟铭任主任委员。
1992年5月20日，九三学社济宁市第二次代表大会召开，选举产生12人组成的第二届委员会，孙悟铭当选为主任委员，社员总数220人。
1997年7月5日，九三学社济宁市第三次代表大会召开，选举产生11人组成的第三届委员会，孙恺铭当选为主任委员，全市九三社员266人。
2002年4月16日，九三学社济宁市第四次代表大会召开，选举产生13人组成的第四届委员会，殷允岭当选为主任委员，全市社员321人。至2004年6月底，全市九三社员人数337人。
2007年4月29日，九三学社济宁市第五次代表大会在黄淮宾馆召开，选举产生13人组成的第五届委员会，殷允岭当选为主任委员，选举产生出席九三学社山东省第五次代表大会代表，通过大会决议。2010年底，全市九三学社社员463人。
社员管理与学习
在社组织发展工作中，认真贯彻“三为主（以大、中城市为主，以科学技术界为主，以有一定代表性的高、中级知识分子为主）”方针，按照“发展为了工作，在工作中发展”的原则和“注重政治素质，发展与巩固相结合，有计划稳步发展”方针，做好组织发展工作，正确处理质量与数量、发展与巩固、重点与非重点、发展骨干社员与一般成员的关系，确保社员的政治素质，改善社员的知识结构、年龄结构、专业结构。1999年起，九三学社济宁市委每年制定年度组织发展计划，并且建立健全组织发展程序，完善社员档案和设计管理制度化，实现社员档案的电子化管理，从而使组织发展工作逐步实现规范化、程序化。
九三学社济宁市委员会完善中心组学习制度，主要负责同志参加市级领导干部“三讲”教育活动；组织副主任委员以上领导以及机关干部开展以“三讲”为主要内容的学习活动，组织领导班子成员参加社省委、市政协、市委统战部等部门组织的读书班、暑休研讨班；积极选派部分骨干参加省市党校、社会主义学院的学习培训；紧密结合国际国内形势和济宁市经济、社会发展的大局举办座谈会、研讨会；组织200余人次参加市委统战部主办的迎接澳门回归报告会、WTO知识研讨会；多次集中进行统战理论和社史、社章、社的优良传统教育。2000年3月，九三学社济宁市委员会召集部分社员座谈讨论国务院《台湾问题白皮书》，并进一步学习邓小平“一国两制”理论，表示坚决拥护中共中央对台工作方针，努力为完成祖国统一大业多作贡献。
社员活动
1992年，九三学社济宁市委员会举办全市九三社员成就展。1995年，纪念九三学社成立50周年，摄制《风雨同舟五十年》电视专题片，介绍九三社员在本职工作中的先进事迹，举办社员邢丽个人舞蹈专场晚会。九三学社济宁市委员会多次组织学社的著名书画家、学者参加省、市两级举办的以“迎接澳门回归”和“庆祝建党八十周年”为主题的书画展和征文活动。积极组织社员参加中央、省、市各级统战部门主办的统一战线知识竞赛。2000年1月，九三学社济宁市委员会组织100多名社员，参观济宁市高新技术开发区，使广大社员目睹济宁市改革开放的新成就，振奋精神，增强他们对全市改革和发展的信心。2002年，九三学社济宁市委员会通过召开座谈会等方式，认真学习和交流中共十六大历次全会精神和王选的科学精神。2004年8月，把九三学社济宁市委员会在济宁建立组织纪念活动与加强思想建设相结合，开展征文、征图片、征书画作品与知识竞赛活动，隆重举行九三学社在济宁建立组织20周年纪念大会，出版《九三学社在济宁》大型画册，以翔实的史料记录和宣传九三学社在济宁走过的20年光辉历程。2005年8月，召开九三学社建社暨抗日战争胜利60周年庆祝大会，济宁市委副书记张振川，市政协副主席、市委统战部部长贾丽建等出席大会。大会表彰为经济发展和社会服务工作作出突出贡献的5个先进基层组织和37名先进个人。2007—2010年，按照社中央、社省委和省市委部署要求，以深入开展“政治交接学习教育、学习贯彻科学发展观、树立和践行社会主义核心价值体系”三大主题教育活动为主线，开展形式多样的宣传教育系列活动。采取举办主题征文、座谈会及参观考察等多种形式，把“九三学社济宁市委员会成立20周年纪念活动”“改革开放30周年纪念活动”“纪念多党合作和政治协商制度确立60周年”，以及学习王选、杨佳等事迹活动，与主题教育活动有机结合，广泛进行爱国主义和社会主义教育、多党合作制度和学社的优良传统教育，使广大社员进一步坚定走中国特色社会主义政治发展道路的信心和决心。
参政议政
九三学社济宁市委员会每年都参加济宁市委、市纪委、市政府和市委统战部举行的民主协商会、情况通报会和征求意见会，就济宁市经济和社会发展中的重大问题、廉政建设及重要人事安排参加协商，坦诚地提出意见和建议，受到济宁市委、市政府领导的高度重视。社市委十分重视发挥参政议政的群体优势，从提高认识入手，以围绕中心、服务大局为根本，以调查研究为基础，以上下结合、内外结合、专群结合为主要方式，积极探索多领域参政议政的新途径，社组织和广大社员表现出越来越强的参政议政意识和越来越高的参政议政水平。
1992年，在市政协会议上提出《调整立体农业中林粮间作布局，发展多树种高效间作模式的建议》，由副市长马道生、市林业局领导进行现场答复，该建议被有关部门采纳，在济宁市“八五”计划的修改中得到体现。
2001年，九三学社济宁市委员会在市政协九届四次会议上提出《关于加大科技投入，重视科技人才储备》的提案，被市科技局列入重点调研项目，通过调研论证，着手制定进一步加大科技投入和人才培养引进的措施。
2003年，十届市政协一次会议期间，共提交党派提案、委员提案35件，其中5件党派提案、10件委员提案被列为重点提案；其中，《关于防治我市地下水污染的建议》《我市科研机构发展对策的建议》等提案受到市政府领导及有关部门的高度重视，许多意见建议被有关部门采纳。根据社省委《关于编辑〈九三学社山东省委参政议政建言献策专辑〉的通知》要求，九三学社济宁市委认真组织部分社员撰写《加强我省高等教育质量管理的建议》和《大力发展无公害绿色——有机农业，构建农业国际化保障系统》《关于促进欠发达县经济跨越式发展的几点建议》3份材料，受到社省委领导好评，并被社省委选登在《齐鲁社刊》上。
2004年，十届市政协二次会议期间及会后，共提交党派提案、委员提案46件，其中9件党派提案10件委员提案被列为重点提案。
2005年，市委书记贾万志对九三学社济宁市委员会《关于济宁生态市规划建设的几点建议》亲自进行阅批。在山东省民主党派优秀提案表彰大会上，九三学社济宁市委员会被评为“山东省民主党派优秀提案先进集体”。《加强我省高等教育质量管理的建议》等8个参政议政调研成果被社省委收录到《九三学社山东省委参政议政成果选编》一书中。
《关于济宁生态市规划建设》的提案，市环保局召开专门会议研究，并在编制《济宁市生态建设实施规划》时认真吸收采纳；《关于确保我市居民生活用水卫生安全》的提案，市政府采纳建议后下发《关于封停济宁市城区自备井的通知》；《关于建立失业低保人员医疗保健制度》和《关于确保城市低收入家庭基本医疗保障》的提案，市民政局与市劳动和社会保障局切实加大对市委、市政府有关文件的落实力度，并出台《济宁市城市困难群众医疗救助办法》；《关于进一步巩固和发展我市新型农村合作医疗制度》的提案，市政府在转发的《关于建立新型农村合作医疗制度的意见》中给予采纳。《关于优先发展科技，增强创新能力的建议》的提案，得到市委主要领导批示。市科技局按照批示要求，在起草《市委、市政府关于增强自主创新能力、建设创新型城市的决定》和《济宁市中长期科学技术发展规划纲要》等文件时，充分采纳建议内容，并采取具体的工作措施。在市政协十届五次会议上，九三学社济宁市委提交集体和委员个人提案40余件。
2007年，在市政协十届五次会议上，九三学社济宁市委员会提交7件党派提案，35件委员提案，其中《加强社会治安治理，构建平安济宁》《关于我市地下水污染的成因及防污对策的建议》等提案分别得到市委、市政府的主要领导批示。在市政协十届二十六次常委会上，九三学社济宁市委员会作《优先发展科技、增强创新能力》的专题发言。
2008年，在市政协十一届一次会议上，九三学社济宁市委员会共提交《抓住鲁南经济带规划建设战略机遇，实现我市经济率先、跨越式发展》等15件党派提案，其中11件被列为重点提案，并在新农村建设专题座谈会上作《确保我市农村居民饮水安全》的专题发言。
2009年，在市政协十一届二次会议期间，九三学社济宁市委员会共提交提案58件，占全部政协提案12.5%。其中以九三学社济宁市委员会名义提交的党派提案26件，占集体提案总数的36.6%，重点、重要提案15件，占重点、重要提案总数的30%。特别是《加快中小企业信用担保体系建设，完善信用担保机构风险补偿和激励机制》《抓住扩大内需的政策机遇，加快城区集中供热建设》《关于从源头上防范和化解社会矛盾的建议》《关于推进市长公开电话工作的建议》《关于加大我市廉租房和经济适用房建设力度的建议》等提案围绕大局，关注民生，从不同角度提出切实可行的建议，引起各方重视和采纳。如科技一支社撰写的《关于建设济宁新北外环路的建议》，被市规划局采纳，在327国道北侧新规划一条快速干道，疏解城市北部过境交通。
2010年，在市政协十一届三次会议期间，九三委员小组共提交提案40余件，占全部政协提案的10%，其中重点、重要提案8件。提案涉及招商引资、科技进步、教育、城建环保等多个领域，质量明显提高。《济宁日报》对《关于推进全市城乡创业就业工作的建议》的提案进行详细介绍，并给予高度评价；《齐鲁晚报·今日运河》分别就《城区水活流清应有部门调度的建议》《关于市区104条小街巷综合整治的调查与建议》《关心青少年心理健康状况的建议》3件提案对提案人进行专题报道，新浪网、大众网也对这3件提案进行报道。
社会服务
九三学社围绕市委、市政府中心工作，深入调查研究，充分发挥自己的优势，积极采取多种形式为经济社会发展服务，取得显著成绩。
发挥人才智力优势，开展办学活动。1988—1996年，九三学社济宁市委员会、兖州矿区支社先后主办齐鲁职工中专兖州矿区分校，为社会培养一些急需人才。1996年，九三学社济宁市委员会创办邹城市九三中学，输送毕业生近千人，缓解邹城市初中升学压力。
积极开展为社会献爱心、送温暖活动。九三学社济宁市委先后组织50余名医学专家分赴泗水县、梁山县、微山县等地举行4次义诊活动，为2000余名农村患者进行义务诊治，为缺医少药的贫困群众送去温暖和关怀。2004年3月，组织3名专家、教授赴微山县医院进行讲学活动，帮助县乡级医院提高医疗水平，收到良好效果。2004年6月，与泗水县圣水峪乡卫生院进行合作，在圣水峪乡卫生院设立九三学社济宁市委员会医疗专家组帮扶医院，建立长期医疗合作关系，无偿为圣水峪乡卫生院培训医务人员，定期派各科医疗专家到圣水峪乡卫生院义诊，联系医疗设备捐赠，帮助圣水峪乡卫生院不断提高医疗水平，造福泗水山区人民。2005年初，经九三学社济宁市委员会努力，为圣水峪乡卫生院争取到山东省重点卫生院建设“360工程”资金，解决乡卫生院改扩建资金问题，2006年12月，改扩建工程竣工。2004—2007年，共派医疗帮扶专家30余批，200余人次，义务诊治2000余人次，联系捐赠医疗设备价值约20万元，培训医务人员20余人次。2007—2010年，继续开展“医疗帮扶”活动，先后设立泗水县圣水峪乡、邹城市香城镇2个定点帮扶医院和刘庄社区定点帮扶卫生服务站。为群众免费看病8000余人次，培训医务人员220余人次，联系捐赠医疗设备30余万元。全市社员通过各种形式累计捐款、捐物价值30余万元，其中103名社员通过九三学社济宁市委员会捐款20200元，208名社员缴纳特殊社费21660元。
1991年，九三学社曲阜市委员会成立农业科技服务中心，为群众解决不少农业方面的难题，受到农民赞扬；兖州矿区支社、鱼台支社进行义诊活动；2004年，五一黄金周期间，科技一支社、科技二支社关注“三农问题”，联合进行科技下乡活动，为梁山县送去农业科技书籍和VCD光盘。2007—2010年，各基层组织的社会服务持续发展。各基层社组织和广大社员结合实际，开展“爱心捐助”活动。综合支社向泗水县王家沟村贫困小学生捐赠价值近2000元的学习用品，卫生一支社社员向玉树灾区捐款8000多元。曲阜师范大学支社积极组织大学生利用假期赴枣庄、菏泽等地开展社会服务实践活动，为当地企业、农户解决许多技术困难，受到当地百姓赞扬。卫生三支社积极开展“国际科学与和平周”进社区义诊活动，在刘庄社区为群众免费查体、宣传医疗保健知识。任城区支社实施为期2年的科技进村入户示范工程，通过宣传培训、科技示范、对口联系等多种形式，开展科技支农社会服务活动，使示范村群众种养殖效益得到有效提高。学社曲阜市委员会组织多次健康教育宣讲和集市义诊活动。魏修华运用中医药指导中小学校预防甲型流感，所拟处方通过卫生局和教育局推广到曲阜各学校。科技一支社社员肖士珍牵线引进的济宁豪德商贸城项目，总投资45亿元，成为鲁豫苏皖交界地区规模最大、档次最高、辐射能力最强的现代化综合商业物流城。社员李新雁积极组织市青年美术家协会举办抗震救灾书画义卖活动，所筹义卖款全部捐往四川灾区，2009年被评为山东省优秀青年艺术家。2006年，殷允岭参加全国第八次作家代表大会，他的专著《轰炸！轰炸！》获浙江省2007年“五个一工程”精品奖，散文集《湖人琐记》获2009年济宁市委、市政府乔羽文艺奖，散文《井冈山散记》获社省委思想宣传文学作品一等奖。2010年，在九三学社全国社会服务工作会议上，九三学社济宁市委员会被社中央授予全国社会服务工作先进集体；任城区支社被社省委评为社会服务先进集体。
2007—2010年，全市社员中有190人次获市级以上表彰奖励，发表各种学术论文360篇，出版著作60余部，获国家专利76项，完成省级以上科研项目47个，获市级以上成果奖励90余项。其中，社员肖要来2009年获得“山东省优秀科技工作者”誉称号，授予二等功，2010年被评为第六批优秀援疆干部。社员张敬永获得山东省“富民兴鲁”劳动奖章和济宁市劳动模范、济宁市十佳班主任等荣誉称号。