20世纪90年代，济宁市政协文史资料的征集及编辑出版工作成果显著，得到社会各界特别是老干部的关心支持，一大批通过当事人亲身经历、亲眼所见、亲耳所闻的第一手资料征集上来，这些资料生动地再现了济宁市辛亥革命至新中国成立各个革命历史时期的重大事件和重要人物活动，是十分难得的宝贵历史资料。这一时期，全市政协系统共征集“三亲”（亲历、亲见、亲闻）史料200余万字，至1993年，市政协共出版《济宁文史资料》9辑、50余万字。
1993年之后，市政协文史委开始以专题方式进行文史资料的征集整理。1993年，为纪念毛泽东诞辰100周年，编辑出版《难忘的时刻》专辑，收录亲历者回忆文章26篇，记述一个个难忘时刻，真诚抒发济宁人民对毛主席的热爱和敬仰之情。同年，市政协文史委还编辑出版《军阀逐鹿》一书。1994年，市政协文史委与市水利局联合编辑出版水利建设专辑《命脉》，系统回顾济宁治水历史，展示济宁水利建设成就。1995年，纪念抗日战争胜利50周年，市政协文史委编辑出版《微山湖的枪声》专辑，全书共收录亲历者回忆文章62篇，深刻揭露日本侵略者的滔天罪行，深情回忆抗日战争中的重大事件和重要人物活动，真实再现济宁人民英勇不屈、顽强抗敌的生动历史。1998年，市政协文史委与梁山县政协文史委联合编辑出版《水泊梁山》专辑，较为全面地介绍梁山历史与风貌。
进入21世纪，市政协文史工作在继续做好“三亲”史料征集工作的同时，主动适应新的变化，更加积极主动地参与地方历史文化的研究、挖掘和整理。至2002年，市政协文史委陆续编撰出版《济宁运河文化》《济宁运河诗文集粹》《济宁运河文化研究》等三部运河文化研究专辑，全书共100万字，该书以丰富的史料为基础，多角度、多层面展示济宁区段运河文化，为大运河的保护与开发提供重要的历史参考，也为人们了解济宁、热爱家乡提供了生动的乡土教材。2007年，全国政协文史和学习委员会发起编辑出版《大运河画册》和《运河名城》的倡议，推动大运河保护和“申遗”工作，之后两年时间里，市政协文史委在全市范围内开展运河文化史料的征集工作，共征集运河文化史料100余万字，至2009年底，圆满完成《运河名城——济宁》和《大运河画册》的编辑出版工作，该书从运河文化保护和发展的高度，系统介绍运河文化的传承与发展，展示济宁运河文化研究的新成果、新发现。2008年，贯彻落实市委建设文化名市的战略部署，市政协启动《济宁历史文化丛书》的编纂出版，全书规划80卷、2000余万字，计划5年完成。内容涵盖儒家文化、特色文化、文化名人名著、馆藏文物、人文胜迹、风景名胜、非物质文化、探索发现等八大系列，是一套具有通史性质的地方历史文化百科全书。这项文化工程，得到市内外文化名人、文史专家的热情帮助、鼎力支持，乔羽欣然担任《丛书》特约顾问，著名历史学家安作璋为《丛书》作书评，市内一批知名专家、学者担任特约文史研究员，共同策划研究，确定书目，分头撰写，保证丛书的高品位和高质量。至2010年，编撰出版《鲁国历史与文化》、《梁祝文化在济宁》、《孔府孔庙文物珍藏》（上下）、《孔府档案珍藏》（上下）、《济宁非物质文化遗产名录》、《祭孔礼乐》、《孔尚任与〈桃花扇〉》等7部9卷、250余万字。这一文化工程的顺利推进，对于弘扬优秀传统文化，提升济宁文化影响力发挥了重要的基础性作用，受到社会各界的高度评价。同期，县（市、区）政协共出版文史资料106辑、600多万字。