政协济宁市委员会设7个专门委员会，分别是提案委员会、经济委员会、人口资源环境委员会、教科文卫体委员会、社会法制委员会、港澳台侨外事和民族宗教委员会、文史资料委员会，主任由分管副主席兼任。市政协机关内设10室，分别是办公室、研究室、委员工作室、提案工作室、经济工作室、人口资源环境工作室、教科文卫体工作室、社会法制工作室、港澳台侨外事和民族宗教工作室、文史资料工作室，均为处级工作机构。办公室设秘书科、人事科、行政科3个科级机构和老干部处1个副县级事业机构。研究室、委员工作室、提案工作室、经济工作室、人口资源环境工作室、教科文卫体工作室、社会法制工作室、港澳台侨外事和民族宗教工作室、文史资料工作室分别下设秘书科（科级）。政协济宁市委员会第十二届市政协委员规模为520名，设置24个界别。截至2016年底，实有委员527名，常务委员95名。
主动对接中心工作，围绕“十三五”发展献计出力。聚焦事关济宁转型发展的关键问题，围绕信息化助推经济转型、突破文化旅游融合发展、深化大气污染治理等开展调研协商。履行民主监督职能，围绕泗河综合开发、重大交通枢纽交通衔接、特色畜牧业发展、公共文化基础设施建设、古民居古村落保护等开展视察，对全国生态保护与建设示范区建设、美丽乡村建设工作进行民主评议，促进相关工作推进落实。组织驻济省政协委员对泗河综合开发进行视察。深化“一线政协”建设，市政协领导成员深入社区网格、项目建设一线，协调各方力量解决实际问题。
坚持履职为民，服务民生积极作为。围绕推进医疗惠民工程、精准帮扶残疾人脱困等开展调研协商，就解决中小学校大班额问题开展特别视察，促进惠民政策、民生实事的落实。持续开展“联村联户服务群众”活动，机关党员干部与4个村、1473户群众建立直接联系，与182户贫困户建立精准帮扶对子，完成村庄道路硬化、文化广场设施完善等工程。
完善工作机制，不断深化政协协商民主实践。市委、市政府、市政协联合研究制定《2016年市政协协商工作计划》，推进专题协商、对口协商、界别协商、提案办理协商4大类18项协商议题，市委、市政府领导和部门负责人与委员面对面交流互动，提出切实可行的思路对策。
加强团结联谊，广泛汇聚改革发展合力。加强与各民主党派、工商联的联系，支持各民主党派、工商联参与全市重大决策的讨论协商。对“全市民族团结进步创建活动”开展视察，就全市侨资企业发展情况开展调研。举办“红色文化·经典记忆”党史图片红色文物暨书画摄影展，组织书画联谊联展、书画文化进校园进军营进企业活动27次，促进书画艺术的交流传播。
创新完善工作机制，提升工作水平。确定107件重点提案，市党政领导批示98件次。开展带案视察活动、“双向民主评议”，促进提案的办理落实。健全社情民意信息反映体系，向省政协报送社情民意信息192篇，55篇被省政协采用或转至全国政协。做好《记忆山东》史料征集工作，征集稿件100余篇，图片近百幅。加大《济宁历史文化丛书》的宣传利用，成功入选国家图书馆地方文献数字化工程，获全市社会科学评选首个“重大成果奖”。向全市中小学校赠送《丛书》900多套。
5月24日，全市政协委员队伍建设工作会议召开
全面加强自身建设，进一步夯实政协履职基础。召开全市政协委员队伍建设工作经验交流会，研究制定《委员履职工作规则》，积极搭建委员履职平台，委员服务管理机制进一步健全。组织机关干部参加全国政协、省政协培训，全面提升干部队伍整体素质。召开全市政协工作经验交
流会，推广履职经验创新举措。