2014年2月，市委市政府决定将济宁经济开发区地点调整至嘉祥县辖区内，由任城区管理调整为市直直接管理。2015年1月省政府鲁政字〔2015〕12号文件批复同意调整济宁经济开发区规划位置；2015年9月省编办鲁编办〔2015〕169号文件批复同意调整济宁经济开发区管委会为市政府派出机构，正处级规格。经市编委批复同意：济宁经济开发区管委会下设党政办公室、组织部（人力资源和社会保障局）、党群工作部（政法工作办公室）、经济发展局、社会事业局、开发建设局、投资促进局、监察局、环境保护局、市场监督管理局、城市管理局、安全生产监督管理局等12个内设机构。财政分局、规划分局、国土分局等3个派驻机构于2015年8月机构人员到位。2016年7月省编办批复同意设立济宁市公安局经济开发区分局。济宁商贸物流园区、财政集中支付中心、人力资源和社会保障服务中心、农业服务中心和综合行政执法局为济宁经济开发区管委会所属事业单位。济宁经济开发区党工委、管委会分别为市委、市政府的派出机构，代表市委、市政府对济宁经济开发区实施统一领导、统一规划和统一管理。2016年9月和11月，市编办分别对开发区所属事业单位和各内设机构职责予以批复。