2015年，全市高新技术产业产值达到 1562亿元，增长 12.44%，占规模以上工业产值的比重为 28.87%，占比提高 1.2个百分点，产值增幅和占比增幅均高于全省平均水平，全市高新技术企业达到 277家，全市产业技术创新战略联盟达到 38个。
科技创新成果全市取得重要科技成果 248项，获得国家科学技术奖 3项，中国技术市场协会三农科技服务金桥奖 12项，山东省科学技术奖 5项。市政府与省科技厅签署战略合作协议，在建设创新城区、山东创新设计研究院及高端人才引进等方面开展全方位合作。获得省级以上科技项目 150项，资金达 1.26亿元，其中与美国、英国、俄罗斯合作的 3个项目获科技部立项，居全省第 2位；省科技重大专项 11项，居全省第 5位；军民科技融合项目计划 4项，居全省第 2位；47个项目列入省重点研发计划。“济宁国家惠普软件产业国际创新园”被认定为国家国际科技合作基地，济宁高新技术创业服务中心获国家科技创业孵化链条建设示范单位，邹城省级农业科技园区晋升为国家级农业科技园区，高新区装备制造业绿色化纳入省高端装备创新型产业集群。
国家农业科技园区持续加大国家农业科技园区建设力度，兖州核心区 1万平方米科技孵化器投入使用，入驻招商引资项目 17个，高档智能温室和高效节能日光温室主体完成；任城核心区法桐研究院建成运行，华中农业大学法桐品种改良试验基地、省农科院林下中药材试验基地投入使用；金乡大蒜农产品龙头加工企业发展到 11家；嘉祥圣丰种业已完成 32家云农业科技服务中心。全市新增国家农业科技园区 1家、省级农业科技园区 6家。
科技创新平台建设努力打造各类创新服务平台，中科院计算所济宁分所企业级智城云服务平台搭建完毕，转化科技成果 4项；济宁中科先进技术研究院建立 4个研究中心；省科学院济宁分院一期科研综合楼项目已封顶；山东省创新设计研究院纳入省重点支持范围。鲁南工研院新引进 3个创新团队，共计 19个，其中 6个实现产业化，全年累计销售收入 1.05亿元；鲁南技术产权交易中心开通鲁技网，搭建济宁知识产权展示交易平台，荣获“首届山东省技术转移十佳机构”称号，全年完成技术交易合同登记 1070项，合同金额 11.2亿元，实现技术交易额 10.06亿，同比增长均超 30%。全市拥有国家工程技术研究中心 1家，省级 70家、市级 343家；国家级科技企业孵化器 3家，市级科技企业孵化器 14家，新增孵化器面积 20.6万平方米，共计 160万平方米，在孵企业 600家以上；新认定市级创新驱动发展示范园区5家，总数达 11家。
科技人才和科技合作制定了《百名科技领军人才培养计划实施方案》，组织科技人才积极申报各类计划，进入国家创新人才推进计划答辩 2人，入选省泰山产业领军人才工程科技创业类 2人，引进国家“千人计划”专家 1人。全市拥有“千人计划”专家 28人，泰山学者特聘专家 30人，建设院士工作站 55家，进站院士 72位。全年开展大型产学研合作活动 32次，推介最新科技成果 1018项，培训各类人才 5000余人，山东英特力光通信开发有限公司成功获批战区级军民通用装备动员中心。市级财政科技投入 8000万元，引导全社会研发投入预计达到 68亿元，同比增长16%。加强科技金融服务，共投资科技企业 10家，累计达到 21家，投资金额共计 1.34亿元，助推新风光电子、卡松科技新三板上市挂牌成功，新增专利质押贷款 5.8亿元，居全省前列。
科技创新环境科学编制市“十三五”科技发展规划，出台《关于推进我市创新型产业集群发展的实施意见》、《关于进一步落实企业研发费用税收优惠政策的意见》、《关于改革市属高校科研院所科技成果处置和收益管理制度的意见》等一系列鼓励创新的政策文件。建立行政权力清单和责任清单制度，巩固实施项目网上申报、评审、审批全覆盖，优化资金投向，试行建立科技报告制度，强化资金监管和效益发挥。召开全市科技创新与奖励大会，举办科技活动周、创新创业大赛，“科技资源进县区创新驱动促发展”等活动，成立山东省西部经济隆起带技术转移联盟、济宁市信息行业科技情报发展战略联盟等一批创新组织。积极推动大型科学仪器设备共享，入网仪器原值 5.5亿元，入网小微企业 475家，全省排名第二；预约创新券数 4028单，创新券补助 1274万元，均排名全省第一。