清朝至20世纪30年代末，境内未设审计机构。19寻8年胶东革命根据地建立后，各级民主政府逐渐设立审计机构，配备审计人员。1938年12月至1940年5月间，山东省审计处胶东分处是胶东解放区的最高审计机关。1940年5月，北海专署成立审计科，直属胶东区委审计分处，其编制在专署内，受双重领导。其时，审计科设有主任1人，审计员2人。1941年胶东区行政联合办事处及各专署均设财政科，科内配有审计人员。1942年胶东区行政主任公署所辖东、北、西、南海区专署设财政科，科内配有审计人员。1945年9月6日胶东行署决定，审计业务仍由行署财政处、各专署财政科负责。1947年5月13日胶东财委会设立审计室。同年7月25日胶东行署发布《关于调整财政机构及干部任职公布令》，将原行署财政处改名为财经处，内设审计室。1948年3月25日胶东行署颁发各级政府、部门及各系统编制草案，其中行署财政处的审计室设正副主任2人，军事股长和行政股长各1人，审计员8人。是年11月29日，胶东行署根据形势变化和华东财办财政会议决议，决定各专署财政科内设会审股，设股长1人，审计员2人。1949年10月27日胶东行署制定《各级政府编制(草案)》，其中规定行署财政处下设审计室，各专署财政科设会审股。1950年初，山东省政府要求行署级财政处下设审计科，编制17人，设正副科长各1人，审计员15人。专署级设财政科，科内配审计员3人。
1950年5月，文登专署财政科下设会审股，配有正副股长各1人，支出会计2人，收入会计1人，审计员4人。1954年编制稍有改变。莱阳专署1950年6月成立财政科会审股。同年，省辖烟台市政府财政科下设会审股。1951年烟台市政府财政局设经费科，配有审计员4人，经建科配有审计员3人，1952年财政科内设有审计员，财政监察室内配有监察员。1958年行政区划调整，审计工作由财政监察取代。
1983年12月，根据国家规定，烟台市重新组建审计机构，市府设审计局，编制30人，财政局监察人员全部调转审计局工作。同时县(市区)审计机构亦开始组建，至1984年5月全部组建完成。烟台市审计局设办公室、财金科、工交商贸科、基建科、行事科。