1891年
6月1日 李鸿章和北洋海军帮办大臣山东巡抚张曜赴威海卫视察海防设施，校阅水陆各营。
本月 丁汝昌应日本政府邀请率“定远”、“镇远”、“致远”、“经远”、“来远”舰赴日访问。
是年 招远玲珑金矿大猪栏矿井塌方，砸死工人30余名。
1892年
是年 广东籍华侨张弼士在烟台筹建葡萄酒厂，1894年经北洋大臣直隶总督批准，正式开办烟台张裕葡萄酿酒公司，为国内首家大型葡萄酿酒企业。
王宗周在烟台朝阳街创办山东大药房，为境内首家国人开设的批发、零售西药房。
1893年
2～3月 英、日、俄等国由烟台港掠运走华工1万余人。
10月 烟台首次发行商埠邮票，面值有0.5分、1分、2分、5分、10分、15分、20分、25分银8种。
是年华侨商人与清廷驻朝鲜使馆合办华侨轮船公司，开通上海--烟台--仁川定期航班。
基督教英国牧师詹姆士·马茂兰夫妇在烟台教习妇女镂花工艺，同时创办“仁德洋行”，专营丝绸、花边、麻布绣花和发网出口业务。
1894年
8～9月 8月1日中日甲午战争爆发。10日，日舰21艘侵入威海卫海面，炮击刘公岛和南、北帮炮台。守军回击，敌舰驶离。9月17日，北洋舰队与日本舰队在黄海激战，“致远”舰管带邓世昌、“经远”舰管带林永升等将士壮烈殉难。后北洋舰队退守威海卫。
10～11月 10月17日日舰9艘侵泊石岛海面。同月，清廷调青州驻防旗兵500人协助固守刘公岛。11月16日，山东巡抚李秉衡抵烟台一带督办海防。30日，日舰20艘入侵威海卫被击退。
是年烟台德商号沙泰公司创办英文版报纸《芝罘快邮》，1901年改为《芝罘快报》，后改为《芝罘晨报》，辛亥革命后转卖给中国人经营，1917年停刊。
1895年
1～2月 1月20日，日本侵略军约1.5万人在荣成龙须岛西海滩登陆，并侵占荣成县城。21～23日，日军继续在龙须岛西滩登陆。30日，日军攻占威海湾南岸各炮台。2月3日威海卫城失守。14日《威海降约》签订。17日刘公岛失陷，北洋水师全军覆没。
4～5月 4月17日中日签订《马关条约》，其《议订专条另约》规定日军驻扎威海卫。5月8日，清大臣伍廷芳、联芳与日本伊东美久治在烟台换约，《马关条约》生效。
1896年
是年 海关邮政局正名为大清邮政官局，设烟台邮政总局。
1897年
11月10日 广西右江镇总兵夏辛酉调任登州镇总兵。
是年 威海卫700余名民众进行反洋教斗争。
1898年
5月23日 侵占威海卫的日军撤走。次日英国海军侵占刘公岛。
7月1日 英国迫使清廷签订《订租威海卫专条》。后爱国民众掀起反英斗争，遭英军镇压，数十人被杀害。
是年 英国人在威海卫狼虎山擅自购地开采金矿，1902年被制止。
中国通商银行烟台分行设立，为山东省内首家官商合办银行。
威海卫引进荷兰奶牛，为境内引进外国奶牛之始。
1899年
3月 清廷准德商开采境内金牛山、铜锡山、茅山、金翅岭、桂山5矿。1909年12月31日赎回。
4月11日 德国军舰侵入庙岛海域。
5月26日 德军由青岛来烟台“避瘟”，随带枪炮，在西海滩操演。
6月9日 德国军舰侵泊石岛海面。
10月 意大利兵舰多艘在烟台海面游弋。
12月 英国侵略者在威海卫、文登、荣成等地圈占土地。
是年 国子监祭酒王懿荣(福山籍)发现甲骨文字，时为国内第一个发现甲骨文字的学者。
邓世昌塑像在荣成县成山头始皇殿西侧落成。1901年光绪帝赐碑文。
1900年
3月13日 俄、英、美、法等国海军在渤海湾举行联合演习。
31日 日本东京丸轮船在长岛海域触礁，登州知府组织营救，救出乘客和水手121名。
春招远磨山一带农民参加义和团斗争活动。黄县诸高村张元春组织义和团，攻打县城失败被害。
7月30日 登州镇总兵夏辛酉奉命率6个营支援天津抗击八国联军。
8月15日 京师团练大臣王懿荣率勇抗击八国联军，失败后投井殉国。
是年 丹麦大北、英国大东水线公司擅自铺设上海至烟台、烟台至大沽、旅大、威海的电报水线(海底电缆)，并在烟台设电报局。后中国电报总局与两公司签订沪烟沽水线合同。1901年2月9日续订烟沽副水线合同。
登莱青兵备道何晏升创办烟台毓材学堂，为境内第一所国人开办的中学。