一、酝酿起步阶段（1993—2005）
1992年自然保护区成立后，编制保护区总体规划以及一期工程、一期续建工程、二期工程、国家森林公园规划，均将生态旅游列为重点内容。省、市旅游部门在编制规划时，都将黄河口生态旅游列为重要内容。1998年，随着区内黄河南顺河路柏油路的修建和清八浮桥开通，为保护区开展旅游创造了条件。1999年，山东省旅游局委托世界旅游组织编制的《山东省旅游发展总体规划》将黄河入海口定为山东省8号旅游区。2002年，随着全市大招商战略的实施，黄河口国际旅行社注册成立黄河口游船公司，在区内建设游客中心和简易码头，购置游船、气垫船，于9月29日举行开航仪式。2004年，保护区委托山东省林业监测规划院规划设计，修建天然柳林木栈道景区，并结合0.33万公顷湿地修复工程修建鸟岛景区。2005年，投资1100万元用于鸟岛码头、鸟岛木栈道及观鸟亭、天然柳林木栈道、景区收费站、游船码头等旅游设施建设。黄河口、大汶流两个管理站分别以职工集资入股的方式注册成立新大地生态旅游公司、大汶流生态旅游公司，10月1日正式对外营业。同年10月，《中国国家地理》发起“选美中国”活动，将黄河三角洲国家级自然保护区评为“中国最美六大沼泽湿地”之一。1993—2005年，省、市旅游局、自然保护区管理局先后邀请世界旅游组织、北京大学、省林业监测规划院等多家规划机构对黄河口旅游进行规划论证，策划大批项目，并首次提出黄河口生态旅游区的概念。2005年，保护区共接待游客10167人次，实现旅游收入30.5万元。
二、快速发展阶段（2006—2012）
理顺管理体制。2007年，市编办调整自然保护区管理体制，原所属垦利县的黄河口、大汶流两个管理站的人财物上收自然保护区管理局，将两管理站所辖区域核心区、缓冲区和实验区林场6.05万公顷土地上收保护区管理局。2010年7月，市委常委会批准成立黄河口生态旅游区管委会，统一管理旅游区的生态保护、旅游开发和区内行政管理事务。2012年7月，市政府常务会议和市委常委会先后研究确定旅游区“四至”范围和行政、财政管理体制，为旅游区长远发展奠定基础。
编制发展规划。2009年1月，国家林业局正式批复《山东黄河三角洲国家级自然保护区生态旅游总体规划》，成为全省首个由国家部委正式批复的生态旅游区规划。2009年5月，为顺应黄蓝两大国家战略实施的新形势，增强规划可操作性，委托中国城市规划研究院对《总体规划》进行优化提升。2012年，委托英国阿特金斯、深圳世联两家策划设计机构对区内休闲度假区、月湖、万亩槐林三大重点区域实施策划设计，着力打造黄河口世界级旅游品牌。
搭建投融资平台。2008年8月，市政府成立市旅游开发有限公司，为旅游区的开发建设搭建投融资平台。公司注册资本4000万元，其中市城资公司出资3000万元，垦利县政府出资1000万元。该公司为市级国有资产运营机构，受市政府委托行使资产受益、选择经营管理者等国有资产出资人权利，承担区内新建项目的融资、投资、开发、建设、经营和管理。董事长和总经理由自然保护区管理局局长兼任。市旅游开发公司成立后，确立“保护第一，科学开发”的思路。经过市旅游开发公司的建设、管理和运营，黄河口旅游初具规模，黄河口的知名度、美誉度、吸引力有较大提升。2012年5月，按照市政府第35次、第43次专题会议要求，将旅游区的黄河口、大汶流两管理站新大地生态旅游公司、大汶流生态旅游公司的经营权、门票收益权以及区内所有已建成旅游项目（包括市政府投资、自然保护区投资、两站旅游公司投资的项目）移交黄河文化传媒集团大河旅游公司管理运营。按照“权责一致”的原则，旅游区管委会负责生态保护和生态旅游监督管理。旅游项目移交后，市政府成立的市旅游开发公司作为旅游区的融资平台，具体负责旅游区新建项目的建设和投融资工作。
完善基础设施。2007年，市黄河口生态旅游管委会办公室成立后，黄河口生态旅游区建设步入快车道。投资143万元用于垦东五办公院路面硬化及院内绿化；投资68万元建设垦东五收费亭；投资14万元建设北放飞区；投资44万元建设木栈道、鹅卵石路；投资15万元建设瞭望塔南广场小卖部；投资8.5万元建成广场厕所。2009年，投资11.7万元建设南放飞区。2010年，建成自然保护区黄河口游客综合服务中心和湿地公园两大重点项目，并于国庆节前投入试运行。黄河口游客综合服务中心占地8.4公顷，建筑面积8405平方米，投资9500万元。可同时满足500人乘船观光，500人候船就餐，500辆轿车停放。黄河口游客综合服务中心主体建筑为“远望楼”，在全省十大地标性建筑评选中被评为“十大齐鲁文化新地标”。湿地公园是集观光、体验、休闲、科普于一体的重大旅游项目，占地4平方千米，投资3600万元。开挖水道游径5.1千米，修建溢流坝、生态栈道、停泊码头及生态停车场等，购置电动游船5艘，是以游客参与、互动为主的精品景区。协调油田供水和孤东采油厂共同出资120余万元建成瞭望台广场停车场。2011年国庆节前，东营飞机场至旅游区一级旅游专线公路（东八路）建成通车。2012年，实施鸟类救护科普中心、门景区、柳林管护木屋建设项目。鸟类救护科普中心：投资9200万元，其中科普园部分建成并投入使用，项目全部建成后将成为国内首家具备救护、繁育、科普功能的大型开放式观鸟基地。门景区项目：投资9600万元，建设集票务、候车、换乘、餐饮、办公等多功能于一体的综合体，主要包括游客服务中心和生态停车场。按照国家AAAAA级旅游景区标准设计，规划占地面积约20.7万平方米。主体建筑和停车场主道路灰土、雨水管道涵洞全部完成。柳林管护木屋项目：投资3800万元建设的5000平方米湿地木屋度假区建成投用。投资3500万元建设的黄河北顺河路工程被列入第二批中心城城市建设项目，完成路基土方和桥涵闸，2013年“五一”全面建成通车。
强化服务管理。做好远望楼、湿地公园等已建成项目的管理运营，以水上旅游为突破口，努力提升服务管理水平。会同市公安局、市交通局、东营海事处开展黄河口水上旅游专项整治活动，重点整治旅游安全隐患、旅游市场秩序，提升旅游服务质量。落实《东营市旅游船舶安全管理办法》及有关规定，会同海事等部门探索水上旅游管理长效机制，建立健全安全、应急救援、考核奖惩等各项规章制度。多次会同海事、交通等部门组织模拟游船水上应急救援演练。游船运营管理“四统一”（统一票价、统一售票、统一调度、统一结算）模式成为全省推广学习的典型。2012年，保护区共接待游客25.13万人次，实现旅游收入1692.32万元。
三、品质提升阶段（2013— ）
2013年开始，自然保护区坚持保护与利用并举，突出生态保护、生态旅游两大重点，以创建国际重要湿地示范区和国家级生态旅游示范区为目标，全面提升保护管理水平，加快自然保护区和黄河口生态旅游区建设与发展，努力使保护区成为湿地保护与利用的典范。是年，旅游区管委会提出利用3年时间，开展旅游区“规范化建设提升年行动”设想，将创建AAAAA级旅游景区列为重点工作扎实推进。
编制发展规划。2013年，编制黄河口湿地休闲度假区规划。委托深圳世联地产、英国阿特金斯顾问有限公司完成8.76平方千米的休闲度假区《产业策划》及《概念性规划》；委托市规划设计院编制《总体规划》和《控制性详细规划》，《总体规划》编制完成，进入评审报批阶段。
制定管理办法。为加强旅游景区管理，市黄河口生态旅游区管委会制定《东营市黄河口生态旅游区管理办法》，并列入2013—2017年省政府立法规划和2014年省政府规章立法计划。力求通过立法，明确旅游区管理体制，规范旅游区开发建设经营活动，解决法律授权和执法集束权问题，使旅游区建设发展有章可循、有法可依，为旅游区发展提供法治保障。
建设旅游工程。①游客服务中心（门景区）工程，1.2万平方米主体工程全部完成，通过初步验收，1.6千米入区主干道路、2000车位生态停车场项目及配套水、电、绿化等基础设施，五一节前全部完工并投入使用，累计完成投资9600万元。②鸟类救护科普中心项目，完成服务中心、放飞区、游览区及科普大道、湿地景观水系等建设任务，投资4850万元，五一节前全部完成并投入使用。
理顺旅游运营体制。2013年12月25日，根据市委常委会议精神，旅游区经营权重新交由市旅游开发公司，黄河文化传媒集团大河旅游公司撤出旅游区。
2013年，保护区共接待游客25.21万人次，实现旅游收入2351.6万元。