一、机构设置
1990年12月21日，东营市政府批准建立山东黄河三角洲自然保护区，下设自然保护区黄河口管理站、一千二管理站。1991年11月21日，山东省政府批准建立黄河三角洲省级自然保护区。1992年3月16日，市机构编制委员会批准设立黄河三角洲省级自然保护区管理处，下设黄河口管理站、一千二管理站。10月27日，国务院批准建立山东黄河三角洲国家级自然保护区。12月2日，市机构编制委员会批准设立黄河三角洲自然保护区管理局，在垦利县孤岛林场、大汶流草场和利津县一千二林场分别设立黄河口管理站、大汶流管理站、一千二管理站3个管理站。1996年12月27日，市人事局批复增设鸟展馆。1997年，市政府成立自然保护区联合保护委员会，对于协调处理保护管理重大问题、妥善处理保护区与油田开发矛盾、加快自然保护区发展起到重要推动作用。是年11月11日，市编办批复科研站从管理科分离并单设，加挂鸟类环志中心的牌子。
2004年5月12日，市编委批复山东黄河三角洲国家级自然保护区管理局及所属事业单位清理整顿方案，山东黄河三角洲国家级自然保护区管理局隶属市政府、归口市林业局管理，正县级，监督管理类事业单位。科研站与鸟类环志中心合署，为直属正科级社会公益类事业单位。鸟展馆更名为湿地博物馆，为正科级社会公益类事业单位。黄河口、大汶流、一千二3个管理站均为正科级社会公益类事业单位，经费实行自收自支，与有关县双重管理，以自然保护区管理局为主。
2007年6月13日，市编办决定山东黄河三角洲国家级自然保护区管理局加挂市黄河口生态旅游区管理委员会办公室牌子（正县级），归口市林业局。将黄河口、大汶流两个管理站（林场）的人、财、物上收到自然保护区管理局，管理站仍挂林场的牌子。一千二管理站（林场）的管理体制维持不变。2008年7月25日，市编委批准自然保护区管理局设立6个正科级内设机构。
2010年8月5日，市编委批复设立市黄河口生态旅游区管理委员会，为市政府直属正县级监督管理类事业单位，山东黄河三角洲国家级自然保护区管理局与旅游区管委会一套班子、两块牌子，不再挂市黄河口生态旅游区管理委员会办公室牌子。撤销自然保护区管理局党组，设立黄河口生态旅游区管委会（自然保护区管理局）党工委。旅游区建立相对独立的一级财政体制。旅游区管委会内部机构履行的职责权限，由相关市直部门、县区和垂直管理部门在区内设立派驻机构或明确代管机构。
2012年6月21日，市编委批复市黄河口生态旅游区管委会（山东黄河三角洲国家级自然保护区管理局），内设党政办公室、社会事务局、财政局、资源管理局、规划建设局、旅游发展局、安全管理局、宣传教育处、科研处、湿地博物馆10个正科级单位，撤销科研站（鸟类环志中心）、湿地博物馆2个下属事业单位。
二、法规制定
1993年2月，起草《山东黄河三角洲国家级自然保护区管理暂行办法》。9月28日，《山东黄河三角洲国家级自然保护区管理暂行办法》由市政府发布施行。该办法共分19条，涉及自然资源和自然环境管理、动植物保护以及违反保护管理应负法律责任等内容。管理局依照《暂行办法》，制定《山东黄河三角洲国家级自然保护区收费（暂行）标准》，并经市物价局、财政局批准实施。
2007年，按照国家对自然保护区“一区一法”要求，起草《山东黄河三角洲国家级自然保护区保护管理办法》。2009年，“一区一法”工作初步列入省人大立法计划。于8月成立自然保护区“立法”工作领导小组，做好草案起草及相关材料上报工作。2011年，省政府将《山东省黄河三角洲国家级自然保护区条例》安排为条件成熟时争取提请省人大常委会审议；将《山东省黄河口生态旅游区管理办法》安排为条件成熟时争取完成立法项目。9月16日，《东营市湿地保护管理办法》经市政府常务会议研究批准发布施行。该办法共分5章28条，对湿地管理、湿地保护、湿地利用、湿地监督管理作出明确规定，从此，自然保护区湿地管理工作有法可依。2012年，《山东黄河三角洲国家级自然保护区管理条例》列入省政府保护生态环境需要提请审议地方性法规草案立法项目。结合《条例（草案）》，针对《山东省湿地保护办法（草案征求意见稿）》提出修改意见说明，从而进一步通过省级立法解决自然保护区湿地保护管理中存在的突出问题。
三、功能区划
1999年，为解决胜利油田及自然保护区生产开发与自然保护之间的矛盾，国家环保总局相继出台《关于涉及自然保护区内开发建设项目环境管理工作有关问题的通知》和《关于解决山东黄河三角洲国家级自然保护区与胜利油田有关问题意见通知》。本着有利于管理、便利生产的原则，对功能区实施调整。2001年8月，国务院办公厅批准山东黄河三角洲国家级自然保护区功能区调整方案。将飞雁滩、埕东、红柳和新滩4个区域由原核心区和缓冲区调整为实验区。调整后，核心区面积由原来7.9万公顷减少到5.8万公顷，缓冲区由原来1.1万公顷增加到1.3万公顷，实验区由原来6.3万公顷增加到8.2万公顷。2002年，省政府批准山东黄河三角洲国家级自然保护区区界及功能区调整技术方案，并予公告。
2002—2009年，通过对功能区划分实施情况看，功能区划分不适应保护区资源保护管理需要，主要表现在功能区划不明确，无法对黄河入海口新淤地实行分区管理；部分核心区、缓冲区位于黄河防洪大堤内，需要经常实施堤坝加固、河道疏通等工程建设，无法按照自然保护区条例保护管理，同时也与防洪法等有关法律法规相冲突；受季节性黄河水偏少和堤坝阻隔影响，核心区、缓冲区内部分湿地逐步萎缩、退化，湿地功能降低，急需实施湿地恢复工程建设，以恢复湿地原貌。鉴于上述原因，2010年，自然保护区向市政府提出功能区调整方案。市政府向省政府并转国家林业局提报调整方案。经国家林业局、环保部评审，2012年正式获批。自然保护区功能区调整，将2001年至2009年黄河口新生陆地面积0.59万公顷调整为核心区；将大汶流管理站黄河内堤坝（顺河路）两侧，北至黄河南岸、南至原农牧生产路原核心区调整为实验区；将原农牧生产路以南500米核心区调整为缓冲区；将大汶流管理站封育沟以东原缓冲区调整为实验区；将黄河防洪南大堤南侧缓冲区调整为实验区。保护区功能区调整后，自然保护区总面积仍为15.3万公顷，其中核心区由5.8万公顷调整为5.94万公顷，缓冲区由1.3万公顷调整为1.12万公顷，实验区由8.2万公顷调整为8.23万公顷。其范围在东经118°32.981′～119°20.450′、北纬37°34.768′～38°12.310′。
核心区。黄河三角洲自然保护区设3处核心区，即一千二管理站核心区、黄河口管理站核心区、大汶流管理站核心区。①一千二管理站核心区边界以13个拐点连线为界，拐点坐标分别为：118°40′8.71″E，38°07′36.97″N；118°40′9.36″E，38°08'15.77″N；118°42′14.97″E，38°08′59.55″N；118°43′15.94″E，38°08′37.02″N；118°43′47.46″E，38°07′10.13″N；118°42′3.88″E，38°05′44.89″N；118°40′59.93″E，38°05′55.12″N；118°41′35.78″E，38°03′23.38″N；118°42′25.29″E，38°04′35.74″N；118°44′49.65″E，38°04′37.79″N；118°46′10.06″E，38°04′48.61″N；118°45′21.39″E，38°06′54.29″N；118°45′23.70″E，38°07′58.43″N。②黄河口管理站核心区边界从拐点“119°10′4.59″E，37°45′58.93″N”起，至拐点“119°10′4.59″E，37°46′24.82″N”，沿低潮时海岸线至黄河西岸，沿黄河西岸至拐点“119°10′4.59″E，37°45′58.93″N”。③大汶流管理站核心区边界从垦东28井起，经121海沟入海口、黄河北2号防台、黄河南内堤坝、黄河南内堤坝延伸1000米处、垦东6号计量站、1号防台泄水闸南延500米处、中泄水闸南延500米处、环形鸟岛南100米处至大汶流海沟与南坝交界处，沿大汶流海沟左岸至低潮时海岸线，沿低潮时海岸线至黄河现行流路东岸，沿黄河现行流路东岸至垦东28井。
缓冲区。自然保护区设3处缓冲区：一千二管理站缓冲区位于核心区东、西、南边界外围，面积0.51万公顷；黄河口管理站缓冲区位于核心区西部边界外围，面积0.08万公顷；大汶流管理站缓冲区位于核心区东、西、南、北边界外围，面积0.53万公顷。
实验区。实验区位于缓冲区外围，南北两部分总面积8.23万公顷。
四、巡护管理
1993年，《山东黄河三角洲国家级自然保护区管理暂行办法》和《黄河三角洲国家级自然保护区收费（暂行）标准》出台后，区内管理走上依法管理轨道，但保护与开发的矛盾比较突出。1994年起，聘请常年法律顾问，并依法查处各种破坏自然资源和自然环境违法行为，处理一批擅自到保护区内进行勘探、开发、修筑设施、违章建筑、烧荒、乱捕滥猎等违法活动。1998—2001年，重点协调油地关系，妥善解决油田开发同自然保护之间的矛盾。2002—2006年，制定印发自然保护区管理局行政审批程序；结合《行政许可法》颁布实施，加强业务人员业务培训，提高执法人员素质和执法水平；提出“保护、修复、改造、服务、发展”工作思路，确立建设“生态环境优美、设施先进、管理科学、运营高效和经济繁荣国家级示范自然保护区”奋斗目标。2007年，修订完善《火灾处置应急预案》和《野生动物疫病防控应急预案》，落实各项防火及防疫措施；实行分区管理，建立进入核心区、缓冲区准入审批制度；严格建设项目审批，实行实验区内各类生产经营项目现场勘查制度，规范申报审批程序，对油田建设项目实行区域、规模和时间三控制；建立巡护监测制度，规范执法检查程序，加强对资源环境保护管理、建设项目监督检查，有效遏制破坏性开发行为。2008年，环保部、农业部、国家林业局等7部委组织国内知名专家对自然保护区管理工作进行评估，评估组一致认为自然保护区步入全国先进自然保护区行列。
⑴队伍建设
自然保护区建立前，利津、垦利公安局分别于1982年、1985年设立一千二林场派出所和孤岛林场派出所，负责辖区治安工作。护林防火、处结林区内乱捕乱杀野生动物违法行为则由一千二林场、孤岛林场、大汶流草场分别设立的安全股负责。各林（草）场根据各自辖区资源状况，陆续在重点区域设立检查站、巡逻队、防火队。到1990年，林（草）场均未发生火灾及其他事故。1990年自然保护区建立后，为加强自然保护区执法管理，各管理站均设立公安派出所和治安巡逻组织，并设检查站10处。1992年建立国家级自然保护区后，一千二管理站（林场）由林场派出所牵头组成15人管护队。1994年，为确保《山东黄河三角洲国家级自然保护区管理暂行办法》和《山东黄河三角洲国家级自然保护区收费（暂行）标准》顺利实施，对自然保护区巡逻执法人员进行专业培训，颁发检查证书，在保护区主要路口设立流动检查站，实施对进出人员和车辆的监督检查。1995—1997年，按照市政府法制办关于做好行政执法证件申领、审验工作的通知要求，将全局所有行政执法人员信息在山东省行政执法监督管理平台进行申领或审验并组织相关执法人员参加市直行政执法人员培训考试。1998—2000年，组织执法资格人员参加培训，重点学习行政强制法、行政许可法、行政处罚法、行政复议法和山东省行政程序规定等基础公共法律知识，并统一组织计算机在线考试。2001年，黄河口管理站成立由34人组成的专职管护队、15人组成的专职巡逻队，由派出所牵头，对区域内动植物资源实施监督检查，并清理清查收缴区内枪支弹药、管制刀具。2004年，结合《行政许可法》颁布实施，加强执法人员业务培训，提高执法人员执法水平。
2009年，孤岛林场派出所归属市森林公安局，改称黄河口派出所；撤销一千二管理站（林场）派出所。自然保护区内森林管护由市森林公安局实施统一管理。市公安局设立黄河口生态旅游区治安管理办公室，负责旅游区内治安管理工作。2011年，东营海事处设立黄河口办事处。2012年，自然保护区管理局根据市政府法制办要求，登录省行政执法证件管理信息系统，全面清理130名执法人员信息，分别组织87人参加全市公共法律知识考试，通过上级执法部门办理和发放执法证件86件（新申领1人、审验85人、注销1人）。2013年，组织全区87名执法人员参加执法证件申领审验培训及网上报名、考试（新申领1人、审验86人），全部合格。
⑵森林防火
防火设备与设施。1992年，一千二管理站为管护队配备130汽车1部，三轮摩托车2部，二轮摩托车1部，货车2部，埋设界牌、宣传牌及通讯设备，确保安全管理工作落到实处。1993—1996年，在保护区一期建设项目中，3个管理站分别在各自管理范围区域内设置界桩、标牌，建设瞭望台、检查站，购置防火、巡逻车、电台、对讲机、增设电话、铺设通信电缆等。2001年8月，国家林业局批复保护区二期建设工程可行性研究报告，核定建设项目中包括贮水池等防火设施。2004年，自然保护区管理局投资160万元建设防火道，配备防火车辆，检修对讲机，对通讯盲区防火点配备移动电话。2005年，清理耕翻隔离带133.33公顷，整修防火专用路180千米。2006年，投入110万元，加强消防设备补充更新和维护保养，清理防火隔离带490千米；清理防火道39.5公顷，整修防火专用路45千米。2007年，投资120余万元沿顺河路公路两侧修建长13.6千米永久性防火隔离带，清理防火隔离带57.93公顷，整修防火专用路88千米。2008年，建设防火隔离带1030千米，其中一千二管理站420千米，黄河口管理站415千米，大汶流管理站195千米；清理防火隔离带195千米。2009年，清除防火道及芦苇杂草0.2万公顷。2010年，按照以路带沟的模式，新开设永久性隔离带14.73千米，清理防火隔离带760千米、隔离道453千米；实施451-70井5.1千米防火道工程，动用土方10万立方米；购置防火巡逻车和杂草清理专用拖拉机各1部，添置风力灭火机20台，更新防火警示牌20余块、对讲机22部、中继台2部。2011年，整修新滩路两侧防火带5.4千米，完善32区块生产路两侧防火带8.2千米，购置秸秆还田机1部、防火服51套、对讲机15部。2013年，投资371万元，新开设永久性防火隔离带50千米，清理防火隔离带180千米、防火道110千米。重点对区内主要道路两侧和景点周边芦苇和杂草进行收割清除，减少火灾隐患。加强智能化建设，建立完善电子管控网络，安装监控摄像头52处，配备对讲机60部，GPS卫星定位通讯工具12部，车载台11部，确保能够及时发现处置火情。
防火管理。自然保护区存在的火灾隐患主要因素是保护区内生产经营单位施工作业人员多，保护区及周边疯、傻、痴、呆人员难以控制和管理，保护区内烧荒、放牧、耕作和旅游人员多，易引发火灾。1993年起，落实各项防火措施，从源头上控制火灾发生；完善防火奖惩制度和防火报告制度；通过瞭望、巡逻、监控，提高防火水平；加强《森林法》宣传贯彻，增强公众森林防火意识。1998—1999年，按照“预防为主，积极消灭”方针，调整充实护林防火指挥部。指挥部与各中层负责人，各科室与职工层层签订责任状，增强干部职工防火责任感和紧迫感。2000年起，总结查找森林防火薄弱环节，切实加强对管理站（林场）职工安全教育；对来往车辆、人员实行严格检查，收缴火种，实行安全提示；落实各项防护措施，将护林防火任务分解到防区、路段，落实到人，严格奖惩；制定完善扑火预案，严格值班制度。2003年，广泛宣传动员，加强野外火种与火源管理，清理防火线，采取岗前培训，强化防火责任。2004—2005年，修订完善扑火应急预案，规范扑火工作机制。通过瞭望台监测和巡逻管护等方式，加强火情监测，切实做到“早发现、早处置”。严格执行森林火灾报告制度，确保市、区护林防火指挥部准确、及时掌握林区情况；实行局领导包站制，切实做到思想、措施、人员物资准备四到位。
2006年，防火工作中做到“九到位”，即开好周边单位防火动员会，上好一堂防火知识宣传教育课，签订一份周边单位负责人目标责任状，签订一份联防保证责任书，张贴一道防火戒严令，每个单位落实一名联络员，组建一支巡查队、一支扑火队，开设一道防火安全带。局、站两级调整充实防火指挥部成员，修订完善《防火应急预案》，层层签订责任状，做到组织领导、物资设备、责任落实到位；加强巡查监控火灾源头，做到巡逻检查、火源监控到位；开展防火宣传，举办4期防火知识培训班，做到物资储备、宣传培训到位；加强扑火队伍建设，组织防火安全检查，做到人员组织、督导检查到位；坚持24小时值班带班制度，保持联络畅通，全区安全生产形势平稳。在全区实行交纳防火抵押金制度，与辖区内常驻单位签订防火协议25份，收缴防火抵押金64.8万元。2007年，与辖区内常驻单位签订防火协议28份，收缴防火抵押金70余万元。2008年，重点做好防火责任制落实，火源火种管理及重点时期、重点地段、重点人群管理，强化宣传、检查、巡逻“三项措施”，狠抓防火隔离带、防火设备、防火监控设施、防火队伍“四项建设”，严格执行防火值班、区域责任追究、防火巡逻、野外用火审批、入区许可证“五项制度”。2009年，制定《自然保护区火灾处置应急预案》，重点抓好火灾预防、人员组织、物资保障、综合调度等方面工作。2010年，划分3大防火区片，明确牵头领导和责任人员，签订防火责任状。2011年，开展“安全生产基层基础深化年”集中行动，组织召开冬季安全生产工作会议。加强巡逻检查和安全宣传，实行封闭管理。2012年，重点加强火源火种管理。2013年，以开展“安全生产基层基础提升年”和“安全生产月”活动为载体，组织召开冬季安全生产工作会议，完善责任落实、组织指挥和应急处置体系建设。划分防火责任区片10个，签订防火责任状19份，收缴防火抵押金120余万元。
火灾处置。①1987年4月1日，孤岛林场发生一起火灾，持续3小时。经过全体职工及周边群众奋力扑救，终将大火扑灭。此次火灾造成林地过火面积166.7公顷。②1988年4月14日，一千二林场发生一起火灾，全场干部职工及周边群众奋力扑救，由于灭火及时，大火很快被扑灭。此次火灾造成6.67公顷林木损毁。③1989年4月18日12时许，孤岛林场试验地东2千米处荒草地发生火灾，经过6小时奋力扑救，终将大火扑灭。此次火灾造成植被过火面积530公顷，未造成有林地损害。④2000年4月3日15时许，黄河口管理站（孤岛林场）西部1千米处，因孤东采油厂采油一矿维修队7名职工到垦东6-11井加固变压器过程中，使用电焊枪不当，由电焊弧燃着荒草引发火灾。由于当时刮4～5级东南风，大火借风势漫过公路直扑林区，情况十分危急。场部接到报警后，立即请求孤东采油厂消防队增援，拉响警报，组织全场干部职工参加灭火。随后，市委、市政府、市林业局、市公安局、市消防支队、自然保护区管理局、垦利县政府相关领导先后赶到现场，组成临时指挥部，指挥现场扑救。火灾于当日20时02分扑灭。大火扑灭后，将现场划分4个责任区，安排专人仔细检查，排查暗火。4月3日23∶30分、4月4日凌晨4时，分别发生2处复燃点，由于发现及时，火源很快被扑灭。4月4日，市、县林业部门会同黄河口管理站（孤岛林场）专业人员到火灾现场勘查损失情况。经测算，此次火灾过火面积307公顷，其中疏林地6.7公顷，折实面积2公顷，天然柽柳林13.3公顷（8000墩），荒草苇地286.7公顷。
⑶海域管理
1999年前，东营市海域由市海洋与水产局管辖。
2000年，市政府为解决自然保护区内多头管理、无序开发、盲目招商、违法建筑各种设施、纠纷不断发生等混乱局面，召开专题会议，明确自然保护区的用海范围，并要求“自然保护区核心区和缓冲区相连滩涂及浅海水面，一般不得搞贝类养殖和其他生产性活动。在实验区相连滩涂和浅海水面开展生产性活动的，须经自然保护区管理局现场勘查，核发准入证后，再到海洋与渔业部门办理海域使用证。至此，对自然保护区相连滩涂和浅海，有关县区不再办理海域使用证。对已取得海域使用证单位管理由市海洋与渔业局牵头，会同自然保护区管理局共同管理”。2002年，省政府发布自然保护区范围和界限公告，自然保护区用海范围包括两部分，南部区域北自孤东油田海堤纪念碑，南至小岛河范围内潮间带和低潮时负3米浅海；北部区域西自黄河故道三河，东至桩古46井范围内的潮间带和低潮时负3米浅海。
2006年1月，国家海洋局下发《关于进一步加强自然保护区海域使用管理工作的意见》，明确规定“对自然保护区核心区，禁止任何形式开发利用活动用海。核心区用海，属非经营性公益事业用海，海域使用权由自然保护区管理机构申请取得，并可依法申请免缴海域使用金。自然保护区内项目用海，其海域使用申请由批准建立该自然保护区人民政府海洋行政主管部门受理，经审核同意后报同级人民政府审批；对超过审批权限的项目用海，应依法报有批准权的上级人民政府审批”。2007年6月，市编委下发《关于调整山东黄河三角洲国家级自然保护区管理体制问题的通知》，明确规定“自然保护区内现黄河入海口区域核心区、缓冲区土地、海域使用权和实验区中2个管理站（林场）（一千二、黄河口）土地使用权划归自然保护区管理局”。2008年6月，市政府专题研究自然保护区体制理顺有关问题，明确要求“由市海洋与渔业局负责，将自然保护区内现黄河入海口区域核心区和缓冲区内海域一并上收，并办理公益性用海手续。由市海洋与渔业局、自然保护区管理局和垦利县政府负责，按照各自职责抓紧清理规范核心区、缓冲区内用海项目，合同到期要及时回收，不允许续包、转包；合同未到期暂维持现状，不允许延长承包期、扩大承包面积”。市海洋与渔业局按照市政府要求，立即对自然保护区核心区、缓冲区海域用海项目实施清理，并陆续收回自然保护区核心区、缓冲区海域用海项目使用权证书，将自然保护区核心区、缓冲区海域全部交由自然保护区管理。自然保护区管理局根据市政府文件精神，委托国家海洋局北海环境监测中心对自然保护区核心区、缓冲区海域开展海籍测量调查。并根据海籍测量调查结果，向市政府申请自然保护区核心区、缓冲区海域使用权。2008年11月，市政府同意自然保护区管理局核心区、缓冲区海域使用权申请，并要求按程序向国家海洋局申请核心区、缓冲区海域使用权。
2011年，自然保护区管理局重新启动核心区、缓冲区海域使用权申请，经国家海洋局对原申请材料审核，认为自然保护区申请缓冲区海域使用权不符合国海函〔2006〕3号文等规定，并且国家海洋局北海环境监测中心对自然保护区核心区海域海籍测量坐标较少，无法形成完整的曲线，要求重新测量核心区海域海籍。为此，自然保护区管理局委托国家海洋局北海环境监测中心对自然保护区核心区海域重新实施海籍测量，补充完善相关坐标。2012年5月，自然保护区管理局再次逐级向国家海洋局呈报山东黄河三角洲国家级自然保护区核心区海域使用权申请。8月，市政府召开专题会议研究，并对自然保护区海域管理提出明确意见：“在海域管理上，核心区、缓冲区海域由黄河口生态旅游区管委会（自然保护区管理局）在市海洋与渔业局指导下进行直接管理，实验区海域按《东营市海域使用管理办法》执行。”11月27日，国家海洋局对自然保护区核心区海域使用权予以正式批复，要求“根据规定核实涉及使用海域的范围、界址和面积，上报山东省海洋与渔业厅核实确认后，按要求和规定程序报请山东省人民政府予以公告。将山东省政府公告的山东黄河三角洲国家级自然保护区涉及海域范围、界址和面积等信息报地方海洋行政主管部门备案，录入国家海域动态监视监测管理系统”。2013年3月，自然保护区管理局向市政府请示，市政府向省政府提出对自然保护区核心区用海进行公告请示。4月，省海洋与渔业厅对自然保护区核心区用海提出“明确用海范围界址点坐标，完善宗海界址图，对与许庆军等4宗用海范围重叠区域进行相关利益者协调处理”具体意见。为此，自然保护区管理局与市海洋与渔业局到国家海洋局北海环境监测中心细化核心区公益性用海海域坐标，补充界址点坐标566个。7月，自然保护区管理局向市海洋与渔业局报送自然保护区核心区用海公告申请，并由市海洋与渔业局呈报省海洋与渔业厅。8月，省海洋与渔业厅认为达到公告要求，建议省政府予以公告并代拟文稿。9月29日，省政府批准，并对自然保护区核心区用海范围、面积、界址、坐标予以通告，其中南部核心区用海面积3.94万公顷，北部核心区用海面积0.56万公顷。10月14日，在省政府网站公示。10月31日，自然保护区管理局在《大众日报》以专版形式刊登黄河三角洲自然保护区核心区用海通告。至此，自然保护区历时3年圆满完成核心区、缓冲区用海申请。
⑷土地管理
1990—2006年，自然保护区管理局无土地使用权，实验区内大部分土地在建区前已由垦利、河口、利津部分农民用于开垦种植、养殖等生产经营活动，并且建有不少生活及生产设施。2007年，自然保护区管理局开始加大生态环境综合整治力度，对到期土地使用法律、赔偿等手段逐步收回土地所有权，实施生态恢复。同时，探索社区联合保护管理模式，与相关县区建立保护管理联席会议制度。组织人员经常与周边社区居民交流沟通，及时掌握区内人员活动规律，广泛宣传自然保护区有关法律、法规，积极引导周边单位、居民参与保护管理工作。
五、油地协调
保护区部分区块地下蕴藏着较为丰富的石油资源，油田开发带来环境、生态问题，导致自然保护与油田发展之间的矛盾。1998年，国务院办公厅下发《关于进一步加强自然保护区管理工作的通知》，要求对自然保护区加强管理。1999年11月，国家环境保护总局下发《关于解决山东黄河三角洲国家级自然保护区与胜利油田有关问题意见的通知》，提出重新划分保护区及其功能区范围、界限。2001年2月，国家环境保护总局组织有关专家、教授，就黄河三角洲自然保护区功能区调整方案论证予以审查。根据此论证审查会议精神，油地双方达成“三个协议”：《关于山东黄河三角洲国家级自然保护区功能区界调整方案的初步意见》《关于在山东黄河三角洲国家级自然保护区内实施30万亩湿地恢复工程的协议》《关于山东黄河三角洲国家级自然保护区功能区内进行石油勘探开发建设有关问题的协议》。5月，自然保护区管理局与胜利石油管理局成立联合监督检查组，以督查“三个协议”的实施情况。根据“三个协议”精神，油田补偿6000万元用于湿地恢复；自然保护区管理局申请对自然保护区功能区进行调整。至此，自然保护区保护管理与油田生产之间矛盾基本得到解决。8月25日，国务院办公厅批准《山东黄河三角洲国家级自然保护区功能区调整方案》。2003年，为解决胜利石油管理局提出的《关于帮助解决自然保护区内油田工程项目施工问题的函》，市政府出台《关于自然保护区内油田工程项目施工问题的函》，进一步规范胜利油田在保护区的生产开发建设活动。