一、水污染防治
1996年1月，市政府下发《关于对部分企业实行限期治理的通知》，批准《东营市广利河流域水污染防治规划》，全市水污染限期治理工作全面展开。制定“抓流域、促点源，抓点源、保流域，抓重点、带全面”的污染治理工作方针，实行“一月一检查，一季度一调度”的监督检查制度，督促企业制定措施，多渠道筹集资金，保证治理项目顺利进行。11月21日，市委、市政府召开小清河干流东营段治理工程动员大会。25日，小清河治理工程全线开工。小清河流域和广利河流域污染治理工作全面启动。全年共完成污染治理投资3868万元，完成治理项目17个。1997年4月18日，东营市全面完成承担的小清河治理1262.5万立方米土方的施工任务，工程优良率100%。东营市水污染治理工作进入攻坚阶段，严格抓好治理项目的竣工验收，提高企业治理污染积极性。全年共完成治理投资3.1亿元，完成治理项目21个，化学耗氧量削减1.1万吨，全市限期治理项目完成率92.7%。小清河流域限期治理项目完成率100%，名列小清河流域第一名；广利河流域限期治理项目全面完成。1998年3月，省政府在东营市召开挖河固堤现场会，对解决黄河下游河道淤积问题作出全面部署。市政府对12家企业下达限期治理任务，召开重点企业限期治理调度会议，对治理进度缓慢、完不成治理任务的2家企业实行停产治理。同年5月，华泰实业集团投资4000万余元建设的4000立方米/日中段水治理工程投产。是年，全市共投入污染治理资金1.31亿元，完成治理项目11个，削减化学需氧量1.3万吨。1999年，市环保部门加大对污水处理设施监督管理力度，共投资1.37亿元。列入省达标排放计划、日排废水100吨以上的治理项目32个，有29个完成治理任务，并分别通过省、市、县三级环保部门验收，完成率90.6%。2000年，全面开展排污口规范化整治，严格按照国家《排污口规范化整治技术要求》重新核对，分别确定排污口的整治点位和整改方案。污染点源治理成效显著，限期治理项目共67个，全部通过验收。海洋环境保护方面，颁布实施《东营市近岸海域环境功能区划》，并在海洋环境调查基础上编制完成《东营市渤海碧海行动计划》。
2001年，在“一控双达标”（到2000年，辖区主要污染物排放总量控制在国家规定的排放总量指标内；所有工业污染源排放污染物要达到国家或地方规定的标准；直辖市及省会城市、经济特区城市、沿海开放城市和重点旅游城市的环境空气、地面水环境质量，按功能分区分别达到国家规定的有关标准）工作取得阶段性成果基础上，对18家重点企业下达水污染治理再提高工程治理任务。严格审批把关，及时掌握企业治理情况，督促企业加快施工进度，年底前完成治理任务的13家企业全部达到竣工验收条件。2002年，召开全市重点水污染防治工作座谈会，向污染严重、存在问题较多的企业派驻厂员，在10家企业安装自动在线监测仪；关停军马场造纸厂2万吨草浆生产线；开展酿酒业、医疗废水和全市水环境状况调查，摸清有关行业和全市水环境底数；在广饶县试行排污许可证制度，26家达标排放企业领取《水污染排污许可证》，成为全省首个实行排污许可证制度的城市。加强陆域污染源控制，油田采油废水实行回注，减少向海洋排放的污染物数量。2003年，开展小流域治理，组织编写的《东营市小流域治理规划》通过专家论证；继续实施水污染治理再提高工程，调查全市污染源排污状况；治理结构性污染，重点抓好造纸、化工、酿造、电力、水泥等行业治理，关停51家“土小”（小造纸、小制革、小染料、土炼焦、土炼硫、小电镀、小漂染、小农药、土选金、土炼油、土炼铅锌、土法石棉制品、小放射、土炼汞、土炼砷）和新“六小”（小水泥、小玻璃、小炼焦、小火电、小炼铁、小煤矿）企业。市环保局会同计划与发展改革委、市经贸委等部门联合制定《东营市实现水污染问题明显好转、基本好转、彻底解决阶段性目标方案》，下发《关于加强小流域治理的意见》，对全市水污染防治工作提出指导性意见。2004年，制定《东营市小流域污染综合治理规划》和淄河、织女河、广利河、神仙沟等河流污染综合治理专项规划，开展小流域治理工作。继续抓好水污染再提高工程实施，调查全市污染源排污状况，对8家外排污水不稳定达标企业下达限期治理任务。开展水环境容量测算工作，首次摸清全市水环境容量，编写《东营市水环境容量测算技术报告》，并通过省环保局验收。2005年，编制完成《东营市小流域综合治理规划》，全面推进小流域综合治理工作；对广饶县织女河、垦利县永丰河、溢洪河实施清淤疏浚工程；广利河实施河道绿化美化工程，织女河化学需氧量浓度平均值比2004年下降一半。出台《关于加强水污染防治的决定》，强化对采油废水的治理和回注力度。9月底，华泰集团关停50%草浆生产能力。对流域重点工业污染源制定减排、限排和禁排规划，推进区域废水资源化和零排放试点。
2006年，落实全市重点流域区域水污染治理规划，省控重点河流织女河西水磨桥断面水质明显好转，化学需氧量浓度在200毫克/升左右；华泰集团通过加大废水处理深度，出水水质大幅提高，化学需氧量浓度在200毫克/升以下。2007年，推进小清河流域综合治理，要求小清河流域内企业必须无条件达到《小清河流域污染物综合排放标准》；实施广利河截污、治污、导污综合整治工程，杜绝工业和生活污水直排广利河。2008年，实施华泰清河造纸废水深度处理、正和集团污水处理回用等项目；加大城镇污水处理厂建设力度，市污水处理厂三期工程和垦利、利津、河口污水处理厂投入运营，达标排放。年内实施治污项目50多个，累计投入10亿余元。2009年，开展广利河污染治理工作，实行截污、导污、治污三措并举。严查排污口，共查出各类排水口157处，绘制沿河排水口分布图，实行一口一策一责，分段分片包干。继续推进小流域污染综合治理，投资4亿余元，在阳河、织女河、小清河、神仙沟等流域全面实施污水深度处理工程，河流水质达标率大幅提升。2010年，要求重点水污染企业或处于环境敏感区、排水量在500立方米/日以上的企业，在其污水排放口建设生物指示池，建成验收30家。实施9个工业废水治理及现有污水处理厂改造提升工程，新投用2座污水处理厂。推进重点流域区域污染防治，通过清淤疏浚、封堵排污口、建设人工湿地等工程，改善河流水质。据省环保厅通报，东营市5条省控重点河流化学需氧量、氨氮平均浓度分别由2009年的69毫克/升、6.5毫克/升下降到2010年的47毫克/升、4.17毫克/升，实现鱼类存活目标；市控河流水质化学需氧量、氨氮平均浓度较2009年分别下降29.7%和3.6%。
2011年，水环境污染治理以省控河流治理为重点，按照“治、用、保”的理念，对全市重点河流的水污染防治工作提出工作方案，落实各项治理工程。14家重点废水排放企业全部实现一级排放标准。正和集团等排污企业深度处理和中水回用工程按期完成。小清河、阳河、织女河、支脉河、广利河、太平河等重点河流全面达到恢复鱼类生长要求。2012年，开工建设县乡（镇）污水处理厂12个，实施污水处理厂提标工程8个，西城南污水处理厂基本完工，东城南污水处理厂开工建设。实施小清河流域生态环境综合治理4项示范工程和13项重点任务，建成织女河—淄河人工湿地等水质净化工程。2013年，新建城乡污水处理厂10座，6座污水处理厂完成提标改造，建成13处人工湿地水质净化工程；《重点流域水污染防治规划（2011—2015年）》项目通过国家验收；广饶县农村环境连片整治项目全部完成；孤东采油厂污水回注工程、现河采油厂污水零排放工程及溢洪河胜东社区雨污分流改造工程全部完成。
二、大气污染防治
1996年，扩建胜利新村、西城两个烟尘控制区。1997年，开展集中供热、联片取暖。将汽车尾气纳入车辆审批工作的重要指标之中。1999年，开展烟尘控制区和噪声达标区建设。对原有烟尘控制区和噪声达标区重新划定监测，先后扩大2个烟尘控制区，总面积64.3平方千米，覆盖率97.38%。2000年，对19个废气重点污染源，由省、市政府下达限期治理计划，分期分批限期治理，至年底全部完成治理任务。
2001年，实施环境空气质量日报发布工作，自年底开始进行空气质量预报。市政府对40个大气污染源下达限期治理任务，组织召开全市环境目标责任制调度会议和全市大气污染限期治理企业调度会，加大对治理企业的监督检查力度，对40个污染源现场检查调度。至年底，40个污染源基本完成限期治理任务。2002年，召开大气重点污染源限期治理调度会，对40家限期治理企业进行验收。开展冬季大气污染专项整治，加强大气污染源的监督管理。2003年，组织实施创建国家环境保护模范城市“蓝天工程”；调查城区大气污染源，提出治理污染建议，纳入创建国家环境保护模范城市工作总体规划，将大气污染防治任务以“双创”（创建国家卫生城市、创建国家环保模范城市）任务下达。完成全市10吨/小时以下小锅炉、茶水炉和饮食服务业油烟污染调查，取缔燃煤小锅炉273台，安装油烟净化器160台，粉饰锅炉烟囱200余根。2004年，开展高污染燃料禁燃区建设工作，在东营区和河口区各划定一个高污染燃料禁燃区，推广清洁能源，取缔城区内10吨/小时以下的民用燃煤小锅炉、茶水炉77台。加强重点污染源治理工作，对胜利发电厂、华泰热电厂等11家热电厂和发电厂以及5个取暖锅炉房下达烟气脱硫除尘限期治理任务。2005年，加强二氧化硫污染防治，在城市建成区淘汰10吨/小时及以下民用燃煤、燃油锅炉、茶水炉230多台，督促胜利发电厂等16家废气限期治理企业制定治理方案，落实治理任务。
2006年，推进重点污染源限期治理工程，继续取缔小锅炉、大灶和茶水炉，从煤炭经营环境审查入手，加强对城区煤炭经营市场管理。2007年，对30个废气重点污染源安装自动监控设备，在县区政府驻地和重点镇建设环境空气自动监测站7个，全市环境空气自动监测站增至11个，实现对各县区环境空气质量日报。2008年，胜利电厂脱硫工程一期10月底通过验收，二期工程建成；淘汰污染重、能耗高、效益差的落后产能，拆除27.88万千瓦火电小机组和广饶东兴水泥立窑生产线，关停华泰纸业股份公司8.5万吨/年草浆生产线，取缔小化工、小炼油等土小污染企业92家。在省环保局支持下，依法查处影响东城空气质量的寿光市渤海化工园区，使长期污染中心城空气的化工异味问题得到解决。2009年，集中开展中心城环境空气污染专项治理，投资100万元开展空气污染物源解析研究；与市政、公安等部门联合执法，整治违规燃煤小锅炉、燃煤大灶93家；集中整治工业烟尘、建筑施工扬尘、道路扬尘、机动车尾气等污染源，审查煤炭经营企业21家，关停立窑水泥生产线4条，建成机动车环保检测线16条；实行分区监管，抽调专人对中心城区昼夜巡查，对史口工业园、胜利工业园内重点化工企业驻厂监察，共立案查处环境违法行为7起，关停取缔土小污染企业23家；搬迁企业2家、关闭1家、停产4家，15家企业实现达标排放。2010年，开展城市空气质量综合整治，对可吸入颗粒物进行源解析，控制二氧化硫超标，重点解决化工异味问题。推进中心城工业企业搬迁，通过调研，确定搬迁企业35家，经市政府常务会议确定分年度搬迁。
2011年，以扬尘治理为突破口，组织开展以控制扬尘污染为重点的中心城环境综合整治，实施环境空气自动监测站点周边专项整治。对7家燃煤电厂实施脱硫设施改造，提高脱硫效率；对胜利发电厂等9家企业下达建设脱硝设施和采取低氮燃烧改造治理任务。督促6家石油炼制企业建设工艺尾气回收利用装置。2012年，实施610余项污染治理工程，重点区域异味污染问题得到有效控制，环境空气质量二氧化硫、氮氧化物、可吸入颗粒物三项主要污染物指标较上年同期呈下降趋势。督促7家采油厂投资1455万元对中心城规划区内的2432口油井实施套管气回收工程。对14家橡胶轮胎企业、17家石油炼制企业及67家化工企业废气进行限期治理。推进中心城53家工业扬尘企业进行治理，配套建设防风抑尘网，设立密闭堆场，安装自动喷淋装置。加强机动车环保标志管理，自2012年5月1日起，全面开展机动车尾气环保检测。全市有9家机动车尾气环保检测机构、22条检测线通过省环保厅验收和委托。当年全市共发放机动车环保标志39.6万张。2013年，建成9家石油炼制企业催化裂化再生烟气脱硫工程、8家火电企业脱硫脱硝工程。制定《东营市工业扬尘污染防治工作实施方案》，印发《东营市人民政府关于实施黄标车区域禁行的通告》《东营市黄标车提前淘汰补贴管理办法》，推行汽车尾气污染强制性治理，6家加油站安装卸油油气、加油枪油气回收系统。
三、噪声污染防治
1988年，市政府下发通知，对交通噪声、工商企业噪声、建设施工噪声和社会生活噪声等，规定相应排放标准，并制定严格的奖惩制度。1992年，市政府发布《东营市中心城〈城市区域环境噪声标准〉适用区域划分暂行规定》。1999年，建设4个噪声达标区，总面积30.37平方千米，覆盖率31.92%。2001年，建设7个噪声达标区，总面积46.08平方千米，环境噪声达标区覆盖率70.89%。2002年，根据城市发展变化，市政府调整噪声功能区划，调整后总面积52.33平方千米，环境噪声达标区覆盖率76.33%。2004年，在三县两区推行省级安静居住小区创建工作，全年完成5个安静居住小区创建，并通过市环保局初步审核。此后，此项工作再未开展。
四、固废危废污染防治
医疗废物。2004年4月，市政府办公室转发《市环保局、卫生局关于集中处置全市医疗废物的意见的通知》，公布第一批参加处置的医疗机构名单，并对医疗废物的暂存、转运及处置等方面作出具体规定。5月，东营市医疗废物集中处置单位——东营市卫康医疗废物集中处理有限公司正式投入运营；2008年6月，该公司引进上海万强科技有限公司5吨/日医疗废物热解焚烧系统，对设备进行更新改造；2011年1月，医疗废物焚烧设备更新改造完成，进行试生产；12月，医疗废物焚烧设备通过省环保厅验收。至2013年，东营市卫康医疗废物集中处理有限公司已实现对全市120余家医疗机构和单位产生医疗废物的收集和处置。
危险废物。2004年，市环保局、发展计划委联合下发《东营市危险废物集中处置规划》。同年起，市环保局先后下发《关于加强石油开采及加工过程中产生的油泥砂污染防治工作的通知》《关于加强油泥砂监督管理的通知》等多个文件，加强对油泥砂的污染防治工作；胜利石油管理局建设油泥（砂）贮存池30余座，建设35000吨/年油泥（砂）洗砂装置、3000吨/年油泥砂固化焚烧装置、9900吨/年油泥（砂）焚烧装置，实现油泥砂无害化处理。2010年，市环保局印发《关于开展危险废物规范化管理工作的通知》《全市危险废物经营企业规范化管理实施方案》《关于进一步加强危险废物管理的通知》等文件，对加强危险废物管理作出明确要求，强化危险废物“全过程管理”，将全市112家危险废物产生及经营单位纳入重点监控范围，确保产生的危险废物全部得到规范化利用处置。2011年，市环保局制发《东营市“十二五”危险废物规范化管理督查考核工作方案》，将危险废物规范化管理工作纳入对县区的督查考核。至2013年，全市共建成危险废物处置利用单位6家，年利用处置能力27.79万吨。
辐射污染防治。2004年，为加强对放射性污染源的监督管理，保障公众健康和环境安全，市环保局会同公安局、卫生局联合制定《东营市“清查放射源，让百姓放心”专项行动实施方案》，购置专用辐射防护衣、表面污染测量仪、γ剂量率测量仪、个人剂量率仪等仪器设备。市环保局组织县区环保局和胜利石油管理局安全环保处分别将辖区内的涉源单位及放射源等基本情况开展详细摸底调查，录入放射源数据库管理系统。对每一枚放射源进行现场拍照，并严格按照放射源图片处理技术要求录入存档。全市共有涉源单位42家，拥有X射线装置75台，加速器4台（套），开放型同位素7种，密封源402枚。2005年，制定《关于开展全市电磁环境污染源申报登记工作实施方案》，建立东营市电磁环境污染源申报登记档案和数据库。按照“谁用源谁负责”的原则，对35家用源单位下发《辐射工作安全责任书》。同年5月，成立东营环境辐射安全管理中心，负责全市辐射安全监督管理工作。2006年，举办5期放射性同位素与射线装置安全和防护培训班，购置价值30多万元的现场监督检测仪器，具备对密封放射源、开放性同位素、射线装置、高变压输变电线路、射频、工频等辐射环境的现场执法检测能力，填补东营市电磁辐射检测空白。2007年，完成全市电磁环境污染源申报登记、放射性污染源变更申报登记，登记放射源399枚，X射线仪器180台，加速器设备5套，放射性同位素设备11台，处理废弃放射源30枚。2008年4月至5月，开展“迎奥运，保平安”辐射安全大检查，对《放射性同位素与射线装置安全和防护条例》等法律法规执行落实情况，放射源使用安全连锁系统、报警系统、监控系统运行情况，值班记录等10项内容进行检查，纠正违法或不规范行为12起。全年共安全处理废弃放射源130枚，全市辐射安全许可证办理率100%，废旧放射源安全处置率100%。2009年，加强放射源安全监管，建立放射源安全档案，编写评估报告，促进放射源规范使用，办理辐射安全许可证131家，其中涉源单位37家，涉及射线装置应用单位94家，从根本上消除安全隐患。对外来从事探伤和无证辐射工作的单位进行备案，现场划定安全监督区、安全控制区，设置警戒绳、警戒灯、辐射防护等标志。全年共安全处理废弃放射源175枚。2010年，安全处理废弃放射源40枚，全市辐射安全许可证办理率100%，废旧放射源安全处置率100%。同年起，每年参加省环保厅组织的辐射事故应急演练，提高全市辐射应急能力和队伍建设水平。
2011年，检查放射源应用单位350余家次，形成各种辐射安全监管档案50余宗，纠正违法或不规范行为50余起。全年办理辐射安全许可证15家，其中涉源单位2家，涉及射线装置应用单位13家。全年安全处理废弃放射源26枚。
2005—2013年，东营市未发生辐射安全事故。至2013年，全市共有130家核技术应用单位，其中放射源使用单位35家，放射源480枚，射线装置使用单位95家。