1996年10月31日，经山东省政府批准，广饶县撤销颜徐乡，设立颜徐镇。撤乡设镇后，行政区域和政府驻地不变。
1996年底，全市辖东营、河口2个区，广饶、垦利、利津3个县；共有4个街道、21个镇、28个乡。其中，东营区设东城、泰安路、海河路3个街道，辛店、胜利、牛庄、六户、史口5个镇，油郭、西范、龙居3个乡，共214个村民委员会；河口区设河口1个街道，义和、孤岛、仙河3个镇，六合、四扣、太平、新户4个乡，共177个村民委员会；广饶县设广饶、大王、稻庄、石村、丁庄、颜徐6个镇，花园、李鹊、小张、西营、大码头、西刘桥、大营、花官、陈官9个乡，共553个村民委员会；垦利县设垦利、胜坨、郝家、高盖4个镇，永安、下镇、新安、建林、西宋、宁海、胜利、董集8个乡，共332个村民委员会；利津县设利津、盐窝、陈庄3个镇，南宋、北宋、店子、前刘、明集、王庄、大赵、北岭、汀河、虎滩、集贤、傅窝、罗镇、刁口14个乡，共508个村民委员会。全市共有46个街道居民委员会、1784个村民委员会，人口165.77万人。市政府驻地东营区。
1998年2月18日，经山东省政府批准，利津县将3镇14乡调整合并为5镇7乡。撤销前刘乡、王庄乡，将其行政区域并入利津镇；撤销大赵乡，将其行政区域并入盐窝镇；撤销北宋乡、店子乡，合并设立北宋镇（机关驻原北宋乡政府驻地）；撤销汀河乡、罗镇乡，合并设立汀罗镇（机关驻原罗镇乡政府驻地）。
2001年2月8日，经山东省政府批复，东营市调整乡镇规模。东营区撤销油郭乡，将其行政区域并入史口镇；撤销西范乡，将其行政区域并入牛庄镇；撤销辛店镇、胜利镇、泰安路街道、海河路街道，设立辛店街道（办事处机关驻原辛店镇政府驻地）、胜利街道（办事处机关驻原胜利镇政府驻地）、文汇街道（办事处机关驻石油大学西侧）、黄河路街道（办事处机关驻黄河路、燕山路交叉口，2005年5月迁址西二路606号）；撤销龙居乡，设为龙居镇。河口区撤销四扣乡，并入河口街道（办事处机关驻原四扣乡政府驻地）。广饶县撤销颜徐镇、花园乡，并入广饶镇；撤销西营乡，并入大王镇；撤销大营乡，并入石村镇（将原颜徐镇杜疃、马疃两村划归石村镇）；撤销李鹊乡、小张乡，设立李鹊镇（机关驻原李鹊乡政府驻地）。利津县撤销傅窝乡、集贤乡，并入陈庄镇；撤销南宋乡，并入北宋镇。垦利县撤销高盖镇，并入垦利镇；撤销永安乡、下镇乡，设立永安镇（机关驻原永安乡政府驻地）；撤销建林乡、新安乡，设立黄河口镇（机关驻原新安乡政府驻地）；撤销胜利乡、宁海乡，并入胜坨镇。调整后，全市共有23个镇、13个乡、6个街道，1774个村民委员会。
2003年11月11日，经山东省政府批复，东营区设立胜园街道，将史口镇的北高、卢家、丁家、姜王、业基王、温家、东商、赵家8个行政村和黄河路街道的东现河、南田、西现河、王连、东升、陈家6个行政村（居）划归胜园街道管辖，办事处机关驻南二路1118号。
2009年8月5日，经山东省政府批复，垦利县部分行政区划调整，撤销垦利县垦利镇、西宋乡，设立垦利街道和兴隆街道，并将永安镇4个行政村划归兴隆街道。将原垦利镇的吴旺、高盖、东麻王、西麻王、李王、东陈、复胜、补户、盐窝、后苟、中苟、前榆、合兴、中西、民丰、南井、北井、围子、闫家、李呈、前李呈、双河、义和、西冯、西尚、利泉、寿山、苍州、新安、新民、永兴、西双河、双河镇、邱围、冯屋、左二、复兴、六村、七村、南屋、北屋、荆岭、南羊、左一、联合等45个行政村和原西宋乡的赵屋、十八户、卫东、北永兴、牧场、北盐窝、张新、东兴、东宋、胜合、北苍州、新立、新建、大山、北河南、北河北、北于、大三合、宋坨、小口子、沈家、西坨、小高、栾家、二十一户、西宋、夹河、中张、小三合、南三合、东张、西张、西兴、崔家、朱家、邵家、五庄等37个行政村，共82个行政村划归垦利街道，办事处机关驻原垦利镇政府驻地；将原垦利镇的大河、广兴、大王、周屋、兴隆、黄店、南成寨、北成寨、东兴、五一、杜屋、渔洼等12个行政村和永安镇的店子、同兴、西九、后李等4个行政村，共16个行政村划归兴隆街道，办事处机关暂驻垦利经济开发区管委会，2011年8月迁址广兴路277号。
2009年10月12日，经山东省政府批复，撤销广饶县广饶镇、石村镇，设立广饶街道和乐安街道，并将原石村镇东部的19个行政村划归稻庄镇。将原广饶镇的一村、二村、三村、四村、五村、六村、七村、八村、九村、十村、十一村、十二村、十三村、十四村、十五村、十六村、十七村、十八村、十九村、东三里、南三里、东段、大蒋户、后蒋户、马大路、景大路、牛李、朱杨、太平、梧一、梧二东、梧二西、梧东、蒋窑、南张庄、贾家、晋王、东杨庙、北高、南高、书本李、东李、朱家、殷家、皂户李、阜城店、西马、东马、桥头王、弓手刘、都府李、张寨、颜徐一、颜徐二、颜徐三、杜疃东、杜疃西、马疃、前燕、后燕、苏王、唐王、肖家、西北西、儒林、北李、高赵刘、东北西、南西、西毛、柳家、袁家、北徐楼、东毛、贾辛、姜家、蒋口、莲花、双庙、耿家、何张、巷道、金胡、三角、娘娘庙、东十里堡、蔡家、安家社区、任王社区、张汪社区等90个行政村划归广饶街道，办事处机关驻原广饶镇政府驻地。将原广饶镇的西相、北花园、西殷、守义、丁村、和王、西常、舒家、东常、明王、西袁家、于王、东相、牛家、白坞、崔王、张官前、张官后、东花园、西十里堡、申盟亭、田王、钟家、后安德、前安德、东安德、西花园、杜宋前、杜宋后、皂户、西冢头、东冢头、后安王、前安王、北朱耿、西康社区、东康社区、闫李社区、司家社区、綦许社区、黍河社区、邵家社区、杨家社区、吴家庙社区、常徐社区、宋王社区、崔家堤社区等47个行政村和原石村镇的石村、东关、倪家、西王、西高、孟家、北贾、东王、寨村、范李、甄庙、榆林、东何、前初、三里、西秦、东秦、西尧、营子、大尧、寺上、中赵、韩疃、左家、东南、西张、陈家、张庙、张庄、东高等30个行政村，共77个行政村划归乐安街道，办事处机关驻广饶经济开发区管委会驻地。将原石村镇的任家大营、郭家、佛王、圈子、辛庄、新河、纪家疃、侯家、项庄、三合、高家大营、项家大营、陈家大营、王家大营、陈坡、高柳、北店、南店、大店等19个行政村划归稻庄镇，镇政府驻地不变。
2010年1月12日，经山东省政府批复，撤销利津县利津镇，设立利津街道和凤凰城街道，并将北宋镇的19个行政村划归凤凰城街道；撤销北岭乡、虎滩乡，将其行政区域并入盐窝镇。将原利津镇的西双井、东双井、后张窝、前张窝、买河、王庄东、王庄西、卜家庙、后十四户、前十四户、姜家庄、扈家滩、东坡庄、西坡庄、太平庄、韩大庄、大李庄、小李庄、蒋家庄、大刘夹河、小刘夹河、王家夹河、宗家夹河、庄科、梁家庄子、安家庄、小李夹河、大李夹河、马家夹河、张家夹河、赵家夹河、綦家夹河、毕家庄、崔家庄、东关、豆腐巷子、新合、张家滩、大马家、大门张、官庄、黄家、菜园、崔林、宋孟、枣园、韩牛、后宋、北张、刘庄、孟家坦、大北街、北关、后北街、前北街、东街、东南街、西南街、西街、石家庄、西王、三里庄、西关等63个行政村划归利津街道，办事处机关驻原利津镇政府驻地。将原利津镇的姚刘、西綦、左家、西魏、彭家、十里堡、东魏、徐集、大庄、前刘、西冯、南张、满家、孙家、小王家、小高、牟家、柏茂张、丁坊、大高、崔湾、前宋、北于、苏楼等24个行政村和北宋镇的店子、赵庄、北朱、吴苟李、东尹王、西尹王、西朱、西李、双高、双李、常家、胥家、南楼、庄家、大胡、东孙、大田、东潘、陈家等19个行政村，共43个行政村划归凤凰城街道，办事处机关驻吴苟李村。
2010年5月20日，经山东省政府批复，调整河口区、广饶县、垦利县部分行政区划。撤销河口区六合乡，以其原行政区域设立六合街道，办事处机关驻原六合乡政府驻地；撤销河口区新户乡，以其原行政区域设立新户镇，镇政府驻原新户乡政府驻地；撤销河口区太平乡，将其行政区域并入新户镇。撤销广饶县花官乡，以其原行政区域设立花官镇，镇政府驻原花官乡政府驻地；撤销广饶县大码头乡，以其原行政区域设立大码头镇，镇政府驻原大码头乡政府驻地；撤销广饶县西刘桥乡，将小营、东杨家、北塔、南塔、小高刘、高刘、燕寨、宋寨、三水、印家、西雷埠、东雷埠、南雷埠、胜利、韩家等15个行政村划归稻庄镇，将桑科一、桑科二、桑科三、房家、前桑、乌河、西燕、石碑、李官、蒋官、北辛、东流桥、东河口、西河口、小刘桥、西刘桥等16个行政村划归大码头镇。撤销垦利县董集乡，以其原行政区域设立董集镇，镇政府驻原董集乡政府驻地。
至2013年底，全市有14个街道、23个镇、3个乡，158个居民委员会，1781个村民委员会。
1996 年东营市行政区划示意图
2013 年东营市行政区划示意图
