郑玄以毕生的精力注释儒家经典。据《后汉书·郑玄列传》记载，有《周易》、
《尚书》、《毛诗》、《仪礼》、《礼记》、《论语》、《孝经》、《尚书大传》等。
该书所列并非郑玄经注的全部，至少还有《周礼》未被该书提及。
郑玄还给大量纬书作注。《易纬》之属，有《易纬·乾凿度》、《易纬·通卦验》、
《易纬·坤灵图》、《易纬·稽览图》、《易纬·是类谋》、《易纬·辨终备》等六
种。《书纬》之属，有《尚书·考灵曜》、《尚书·帝命验》、《尚书·璇玑钤》、
《尚书·刑德放》、《尚书·运期授》、《尚书·中候》等六种。
他还给《乾象历》作注。
他还有多种杂著。目录、解题类的，有《三礼目录》、《易赞》、《书赞》；序
言类的，有《毛诗谱》、《周礼序》；论辨类的，有《针膏肓》、《发墨守》、《起
废疾》 、 《六艺论》、《驳五经异义》、《答临孝存周礼难》、《鲁礼禘 志》、
《丧服变除》；议、书、传类的，有《皇后敬父母议》、《戒子益恩书》、《孔子弟
子目录》等。
据清人郑珍统计，郑玄著述约有60种。《后汉书·郑玄列传》称“凡百余万言”。
魏晋南北朝时期，郑玄的经注一直被儒家学者所尊奉和推崇。至唐太宗贞观年间，
孔颖达等人奉敕撰《五经正义》，郑玄的《毛诗传笺》、《周礼注》、《仪礼注》、
《礼记注》都被视为儒家经典的标准读本，被采用。唐代的“九经”，有四种采用郑
玄的注。到宋代，上述四种经注列入《十三经注疏》，长期作为封建统治者的官方教
材。至今，已成为研究古代社会历史、学术发展的重要史料。
郑玄的其他经注和论著，多有亡佚，清人辑本，有王复《郑氏遗书》、袁钧《郑
氏佚书》、孔广林《通德遗书所见录》、黄《高密遗书》和《通德堂经解》。