周敬王四十一年（前４７９年），孔子逝世，鲁哀公亲诔孔子，尊孔子为
“尼父”，次年命祭祀孔子。孔子“故所居堂，弟子内，后世因庙，藏孔子衣
冠琴车书，至于汉二百余年不绝”（《史记·孔子世家》）。
汉高祖十二年（前１９５年）刘邦过鲁，“以太牢祀孔子”（《汉书·高
帝纪》），开帝王祭祀孔子的先例，并封孔子九世孙孔腾为“奉祀君”，专事
奉祀孔子。元始元年（公元１年），平帝刘 追谥孔子为“褒成宣
尼公”。此后，孔庙备受重视。
东汉建武五年（公元２９年），光武帝刘秀过阙里，命祭孔子。其后明帝
刘庄、章帝刘 、安帝刘祜先后到曲阜祭祀孔子。皇帝尊崇孔子，
地方官便加意保护维修孔庙。元嘉三年（１５３年）三月鲁相乙瑛奏书皇帝，
“请置百石卒史一人，掌领礼器”，“典主守庙”，并要求“春秋飨礼，财出
王家钱，给犬酒直”（汉《乙瑛碑》）。官府开始委派专员管理孔庙，并给以
祭祀费用。永寿二年（１５６年）鲁相韩敕“修饰宅庙”，“造立礼器”（汉
《礼器碑》）。建宁元年（１６８年）鲁相史晨“礼孔子宅，拜谒神座”（汉
《史晨碑》），并维修庙宇，“补完里中道之周左墙垣坏决”、“作屋涂色”
（汉《史晨后碑》）。
孔庙在汉代虽经多次整修，但仍以宅为庙。当时庙宅面积较大，鲁相史晨
祭祀孔子，参与祭祀的有９０７人，“雅歌吹笙，考之六律，八音克谐”（同
上），为一时盛事。东汉末年，“遭天下大乱，百祀堕坏，旧居之庙毁而不修
，褒成之后绝而莫继，阙里不闻讲诵之声，四时不睹尝之位”（《魏鲁孔子
庙碑》），孔庙萧条残破。
魏晋南北朝时期，社会动荡，玄学兴起，佛道盛行，儒学地位相对下降，
但孔子的地位未曾动摇。魏文帝曹丕赞扬孔子“屈己以存道，贬身以救世”，
“俾千载之后，莫不宗其文以述作，仰其圣以成谋。咨可谓命世大圣，亿载之
师表者已”。并“令鲁郡修起旧庙，置百石吏卒以守卫之。又于其外广为屋宇
，以居学者”（同上）。西晋末年社会混乱，“庙貌荒残”。东晋孝武帝太元
年间拟营修未果。东魏孝静帝兴和三年（５４１年）修孔庙时，曾命工雕孔子
像，“旁侍十子”。
此后在北齐天保元年（５５０年）和梁太平二年（５５７年）均曾修葺孔
庙，但于庙制无改。