世祖至元十九年（１２８２年）十月，南宋衍圣公孔洙辞爵，授国子祭酒
、承务郎兼提举浙东道学校事。
至元三十一年（１２９４年），拨曲阜、沛县地５９．５大顷作生徒学田
。
成宗元贞元年（１２９５年）春，诏修阙里林庙。
是年，封孔子五十三代孙孔治为衍圣公。北宗衍圣公中断４３年自此得以
复封。
大德元年（１２９７年），定各官莅任先谒圣庙制。
大德四年（１３００年）七月，始给衍圣公随朝四品官俸。
大德六年（１３０２年），济宁路总管按檀不花自大德元年建议修葺孔庙
，几经延拖，于大德六年竣工，计费钱１０万缗有奇，建成殿宇廊庑１２６楹
。
武宗至大元年（１３０８年）七月，武宗加封孔子为大成至圣文宣王。
至大四年（１３１１年），遣国子祭酒刘赓以太牢祀孔子。
仁宗皇庆二年（１３１３年）六月，诏以周敦颐、程颢、程颐、朱熹等１
０人从祀孔子庙。
延三年（１３１６年）六月，因孔思诚为庶支而被夺爵。授孔子五十四
代孙孔思晦为中议大夫，袭封衍圣公。封孟子父为邾国公，母为邾国宣献夫人
。
诏春秋释奠孔子以颜子、曾子、子思、孟子配享。此为孔庙四配之始。
延四年（１３１７年），始在颜子故宅陋巷创建颜子庙，筑正殿、两庑
及庙门等。
延六年（１３１９年），三氏学官听衍圣公遴选，以为定制。
泰定帝泰定四年（１３２７年），赐颜氏田３０顷，以供春秋祭祀。
文宗至顺元年（１３３０年）闰七月，加孔子父母及颜子、曾子、子思、
孟子等人封爵。加封孔子父为启圣王，母为启圣王夫人，颜子为兖国复圣公，
曾子为 国宗圣公，子思为沂国述圣公，孟子为邹国亚圣公。
至顺元年十二月，以董仲舒从祀孔庙，位列七十子后。
至顺二年（１３３１年），曲阜县尹孔思凯以孔林樵牧难禁，始作周垣，
建重门。
宁宗至顺三年正月，改封孔子妻郓国夫人亓官氏为大成至圣文宣王夫人。
五月，封颜子父为杞国公，母为杞国夫人；封颜子妻宋国戴氏为兖国夫人
。
惠宗元统二年（１３３４年）四月，修葺阙里孔庙，至元二年（１３３６
年）十月竣工。周垣缭庑，重门层观，仿王宫之制。共用中统楮币３１．４４
万缗。
是年，诏割益都、邹县牧地３５顷，征其岁入以供颜子庙祀。
至元四年（１３３８年）春三月，重修尼山孔庙，至秋八月告成。建大成
殿、大成门、东西斋宿、毓圣侯祠、观川亭等，塑孔子像，造礼乐器。
是年，曲阜县尹孔克钦于孔子讲学堂旧址创建洙泗书院，设山长一人奉祀
。
至正八年（１３４８年），晋衍圣公秩中奉大夫，赠二品银印。
至正十五年（１３５５年）十月，以衍圣公孔克坚同知太常礼仪院事，以
其子希学袭爵。十二月，以孔克坚摄太常卿。次年，为集贤直学士。
至正二十七年（１３６７年）十二月初，朱元璋领导的起义军抵曲阜。孔
子五十六代孙、衍圣公孔希学率曲阜元朝旧官迎降。