自然保护区的管理是整个自然保护区建设事业的重要组成部分。山东省自然保
护区管理实行环保部门综合管理和其他有关资源主管部门分类专业管理的体制。各
类型自然保护区，根据资源的主管范围，分别由林业、农业、海洋、地矿等业务主
管部门具体管理。1991年省政府下发《关于建立省级自然保护区的规定》，进一步
明确了环境保护部门和其他有关部门的职责。1992年9月10日山东省第七届人民代
表大会常务委员会第30次会议审议通过了《山东省森林和野生动物类型自然保护区
管理办法》，对山东省的森林和野生动物类型自然保护区的建立、管理和法律责任
做了明确规定，为保护区管理提供了法律保障。
林业部门主要负责森林生态系统类型和以陆生野生动物为主要保护对象的野生
动物类型以及以森林珍稀植物为保护对象的野生植物类型自然保护区的建设和管理。
农业部门负责以农业资源、水生野生动物为保护对象的自然保护区的建设与管理。
地矿部门主要负责地质遗迹和古生物遗迹类型自然保护区的建设和管理。
省环保局作为全省自然保护区的综合管理部门，主要负责有关自然保护区法规、
政策的起草制定和规划、区划的编制，负责组织对已建自然保护区的监督检查和省
级自然保护区的评审、报批，以及国家级自然保护区的推荐上报等工作。另外，还
有建设部门和水利部门建设和管理的一部分风景名胜资源和以水源涵养林、水源保
护区为主要保护对象的自然保护区。