1988年，国家环保局确定山东省小清河流域为全国试行水污染物排放许可证制
度的试点。这是全国18个试点中惟一以流域为单位的试点。试点工作从1989年8月
正式开始，经过申报登记和总量规划分配，分别于1990年2月和5月发放断面排污许
可证和点源排污许可证。
1981-1982年，山东省完成《小清河济南段污染状况及其自净能力的研究》；
1985年，完成《小清河流域水体污染评价》；1987年，完成《小清河流域饮用水源
污染状况调查及防治对策研究》，基本上搞清了小清河污染状况及小清河济南段的
自净能力。在此基础上，1987年，省环保局会同沿岸各市地环保局共同编制《小清
河流域污染防治实施规划》，初步确定了水质规划目标，对重点污染源的治理方案
进行了初步论证。根据国家环保局(88)环水字230号文和小清河流域的实际情况，
山东省环保局确定济南、淄博作为流域排污许可证试点的重点，并于1989年7月下
发“关于小清河流域济南、淄博两市重点污染源试行水污染物排放许可证的通知”。
同年10月成立污染物排放许可证工作领导小组。为了做好试点工作，一方面派人去
常州、上海、徐州、金华、湘潭等已进行试点的城市参观学习，另一方面聘请有关
专家为顾问，对山东省试行排污许可证工作进行指导。济南、淄博两市，举办有各
区县环保局、主管局(公司)和重点污染企业(公司)负责人及负责排污许可证工作的
技术人员参加的学习班进行技术培训。
小清河是一条跨市地河流，沿岸的污染源主要集中在济南、淄博和齐鲁石化公
司，根据国家环保局对排污许可证的要求以及小清河多年的监测资料，山东省污染
物排放许可证工作领导小组确定按行政区划将小清河分为睦里-辛丰、魏桥-石村、
辛桥-候辛三个控制河段，按这三个断面实行总量控制，把化学耗氧量作为全流域
统一的总量控制指标。各区域还可根据本地区不同污染状况确定增加不同的控制指
标，如济南控制挥发酚、淄博控制悬浮物、齐鲁石化公司控制氨氮、石油类等指标。
济南、淄博两市根据污染负荷确定46个重点污染企业及申报登记项目。1989年底和
1990年2月济南与淄博两市分别完成了申报登记工作。
1990年2月，省环委会召开第十三次全体会议，省环保局副局长王耀凤汇报了
山东省开展排污许可证工作的情况。会议确定对小清河济南段、淄博段和齐鲁石化
公司段实行区域总量控制，并颁发为期两年的断面临时排污许可证。当月，在全省
环保工作会议上，副省长张瑞凤签发并以省环委会的名义，向济南市政府和淄博市
政府颁发了小清河流域断面临时排污许可证。临时许可证规定，济南市在1988年全
市每天排放化学耗氧量293.5吨基础上，削减5％，即每天15吨，最大日允许排放量
为278.5吨；淄博市在1989年全市每天排放化学耗氧量221.5吨基础上，削减4％，
即每天9吨，最大日允许排放量为212.5吨；齐鲁石化公司在全公司每天排放化学耗
氧量10.5吨基础上，削减3％，即每天0.3吨，最大日允许排放量10.2吨。5月，在
淄博召开的全市环保工作会议上，淄博市副市长王和先签发并以市环委会的名义，
向16个重点排污企业颁发临时排污许可证。淄博市排污许可证控制的污染物共11项，
有效期为2年。当月，济南市举行第一批水污染物排放临时许可证颁发仪式，副市
长谭永清向30个重点污染企业颁发了临时排污许可证。济南市排污许可证控制的污
染物指标共9项，有效期也为2年。
为加强对排污许可证的监督管理，省及有关市地先后颁布实施了《山东省小清
河水污染防治监督管理办法》、《济南市水污染物排放许可证管理办法》、《淄博
市水污染物排放许可证管理暂行办法》等行政规章及《工业污染源排放水污染物自
测报告制度》、《工业污染源排放水污染物抽测报告制度》、《污水处理设施管理
办法》、《污染治理设施检查制度》等一系列监督检查制度。同时，山东省环保局
制定了《深化小清河流域断面总量控制和排污许可证制度的实施意见》，省环境监
测中心站制定了《实施小清河流域断面排污许可证监督监测方案》。
山东省还将两市总量削减指标列入对济南、淄博两市的省市长环境目标责任制
的考核内容。同时将重点污染物的削减指标也列入了城市环境综合整治定量考核范
围，促进了排污许可证制度的落实。
1994年，根据省人大通过的《南四湖流域水污染防治条例》中确定的在南四湖
流域实施总量控制的要求，山东省环保局制定了《南四湖流域断面总量控制制度实
施意见》，并在济宁、枣庄、菏泽、泰安、莱芜等市地实行了申报登记，总量控制
工作在该流域全面展开。
1990-1995年底，全省已实行排放水污染物申报登记的城市47个。其中已实
行排放水污染物许可证制度的有23个，全省已办理排污申报登记的企业3040个。其
中已发放排放水污染物许可证的企业205个。