进入同治年间，虽然太平天国革命已趋失败，捻军陷于孤立，但从全国战场看，
捻军仍是对清朝统治形成威胁的一支重要力量。这一时期，捻军的活动中心在淮河
北岸，淮北捻军各旗不断向山东远征，使山东成为淮北捻军的主战场之一。1862年
(同治元年)，清廷鉴于捻军北归的军事动向，将皖北战场上清军的指挥权统一交给
僧格林沁，负责统辖山东、河南的剿捻事务。同年12月，清廷以“山东军务吏治急
切需人整顿”为名，调湖北监司阎敬铭署理山东巡抚，同时调前任长沙知府丁宝桢
任山东臬司，协助阎敬铭指挥作战，丁宝桢后因作战有功，被擢升为山东藩司。
1865年4月，捻军由河南过黄河故道入山东曹县，历数十州县而至曲阜。 清军
由皖、豫回军山东追击。5月，捻军由鲁西二次南下苏鲁边区时， 丁宝桢率军在临
城驿与捻军接战，被捻军击败，其部将杨酉林、郭龄鳌被杀。
1865年5月18日，捻军在山东菏泽西北的高楼寨， 将僧格林沁本人及其内蒙古
马队全部歼灭。清廷闻讯大惊，连忙调曾国藩为钦差大臣，率湘、淮军北上攻打捻
军。阎敬铭因对僧军救援不力而受处分。曾国藩赴任后，阎敬铭配合湘军、淮军，
与直隶总督刘长佑所部分防黄、运两河。
1866年2月，阎敬铭为加强山东省的兵力和军备， 上奏清廷筹办编设马队及添
设火器，这些建议均获准实行。由于曾国藩的湘军已大量裁撤，湘、淮各军内部矛
盾重重，无法集中力量攻打捻军。到9月，曾国藩所率的湘、 淮军也被捻军击败。
10月，捻军在河南许州分军为东西两支。11月，曾国藩回任两江总督，清廷派李鸿
章署理钦差大臣，节制湘、淮各军，担任攻捻主将。12月，阎敬铭休病假，丁宝桢
署理山东巡抚。
1867年3月，丁宝桢升任山东巡抚。6月，东捻军赖文光部由河南进入山东，在
郓城、梁山与当地水套区起义农民一起，突破清军运河长墙上的防御工事，从沈口
戴庙过河，直向山东滨海地区进发。丁宝桢率兵未能挡住捻军，受到清廷“降三级
留任，不准抵销”的处分。8月，东捻军突破胶莱河防线进入鲁中区。10 月以后，
东捻军受困，逐渐趋于劣势，求援于西捻军。11月12日，东捻军在潍县一日三次被
清军击败，战斗力大大削弱。12月，东捻军在寿光县遭到淮军重重围击，主力损失
殆尽。1868年1月，东捻军在清军的协力剿杀下全军覆没。
西捻军张宗禹部由山西一路北进，深入京畿。清廷下令各地军队进京勤王，丁
宝桢也率军北上，向冀中冀南区集中，协助围攻西捻军。1868年4月， 西捻军由直
豫边境进入山东抢渡运河，后入东昌。丁宝桢派军队分路追剿，并将黄河船只全部
收归南岸。捻军无船可用，后在茌平一带被丁宝桢部王正起、王心安军连续两次击
败。6月，西捻军又被丁宝桢部刘时霖军击败，伤亡惨重。7～8月， 西捻军连战皆
败，最终被清军消灭。