在整军期间，为加强对地方武装的领导，先后建立了军区、军分区。
第一军区(亦称大鲁南军区)1939年7月成立，隶属八路军第一纵队(山东纵队)。
辖6个军分区。司令员刘海涛，政治委员林浩，政治部主任刘其人。1940年10月，
第一军区番号撤销，机关并入第一纵队。
第一(泰山)军分区 1939年7月成立。司令员赵杰，政治委员夏骧人，副司令
员吴瑞林，参谋长程绪润、单洪，政治部主任李枚青。
第二(鲁沂)军分区 1939年7月成立。司令员陆升勋，政治委员王子文，参谋
长吴奎文，政治部主任李建梓。
第三(尼山)军分区 1939年7月成立。司令员胡大荣、邝任农，政治委员宋子
成、邝任农，参谋长张少溪，政治部主任靳怀刚。
第四(鲁南)军分区 1939年7月成立。司令员杨信，政治委员李乐平，副司令
员张浩、张炯，参谋长张炯，政治部主任孙哲。
第五(鲁东南)军分区 1939年7月成立。司令员刘涌，政治委员高克亭，副司
令员谢辉。
第六(清河)军分区 1939年9月成立，对外称第三支队后方司令部。司令员马
千里，政治委员景晓村，参谋长许云轩，政治部主任毕秀清。
第二军区(亦称鲁西军区) 1939年8月成立，隶属八路军第一纵队(山东纵队)，
由一一五师兼管。始由一一五师独立旅兼，继由三四三旅兼(详见一一五师入鲁初
期序列)。
第三军区 1939年8月，胶东区党委军事部改建为第三军区，隶属八路军第一
纵队(山东纵队)。司令员王彬，政治委员王文，参谋处长胡铁生，政治部主任仲曦
东。1940年9月，原第五支队改编为第五旅后，第三军区改编为山东纵队新的第五
支队。
第二军分区 1939年9月，蓬黄战区指挥部改称第三军区第二军分区。司令员
孙端夫、曹漫之，政治委员王夷藜。1940年3月，第二军分区改称北海指挥部，司
令员孙端夫、张寰旭、孙纯林、王檐雨，政治委员王夷藜，副司令员张东林，政治
部主任尹瑞夫、王介。1941年8月改归第五旅领导。
东海指挥部 1940年3月成立。司令员于克恭、孙端夫、李发，政治委员于克
恭(兼)、梁辑卿、蔡雍泉，副司令员于得水，政治部主任张军。1941年8月改归第
五支队领导。
西海指挥部 1940年6月成立。司令员李肇启、王檐雨、田侯山，政治委员丛
光烈、于寄吾，副司令员田侯山，政治部主任姜克。1941年8月改归第五旅领导。
南海指挥部 1941年11月，南海区军事部改建为南海指挥部，归山东纵队第五
旅领导。司令员孙春霖，政治委员刘宿贤，副司令员肖镜海，政治部主任李铁民、
张益民。